创建容器沙盒:沙盒是一个可写的容器目录。通过创建沙盒,可以轻松地更改容器内部的文件系统,就像在一个常规的目录中一样。 以可写模式进入容器:使用--writable选项运行singularity shell命令来修改沙盒容器。 执行配置软件所需的操作:在沙盒容器内部,执行必要的命令来配置软件,设置环境变量,并记录这些操作步骤,以便将它们...
Conda:Conda 提供虚拟环境,通过创建独立的环境来隔离不同软件包的依赖关系,但它仍运行于操作系统之上,依赖于宿主机的操作系统和库(尽管通过环境可以实现一定程度的隔离)。 容器:与宿主机共享内核,在操作系统级别提供隔离,每个容器都有自己的文件系统、网络配置和隔离的进程空间。
singularity (简称sing)宗旨就是在一个需要root的环境创建docker 容器,在不需要root的环境运行docker 容器 所以首先得在有root权限的地方构建一个容器 http://xtaohub.com/Container-Tech/Singularity-in-nutshell.html 1、安装sing conda 安装 conda cretae -n sing conda activate sing conda install -c conda-fo...
方法1:conda安装(最简便、无需root权限) condacreate -n singularity singularity -y 方法2:自行编译 #1. 安装依赖sudo apt-getupdate && sudo apt-getinstall-y\\build-essential\\ uuid-dev\\ libgpgme-dev\\ squashfs-tools\\ libseccomp-dev\\wget\\ pkg-config\\ git \\ cryptsetup-bin#2.安装 GO 语...
singularity371 /opt/local/cluster-utils/conda/envs/singularity371 chown softwares:softwares /opt/local/cluster-utils/conda/envs/singularity371 #在集群中,使用root权限安装完虚拟环境之后,将属主,属组授权给softwares 配置module module avail cd /opt/local/share/modulefiles --- # 进入此目录 cp R-...
build 命令会创建一个ubuntu/centos7目录,里面有整个对应的操作系统,在你当前工作目录中会有一个Singularity元数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ sudo singularity build--sandbox ubuntu library://ubuntu $ sudo singularity build--sandbox centos7 docker://centos:7 ...
外部路径必须是已创建的,而容器中的内部路径可以是虚假的(注:当与--writable选项连用时,被绑定的容器内部路径最好是已经存在的)。我们可以多次指定--bind/-B选项,也可以使用逗号分隔多个绑定路径。 $ ls /data bar foo $ singularity exec --bind /data:/mnt,/test:/test,/app my_container.sif ls /mnt ...
R 的 TensorFlow 包会扫描系统中各种版本的 Python,还会扫描可用的虚拟环境和 conda 环境,所以在很多情况下,不需要我们进行额外的操作。然而,我们也可以通过指定 RETICULATE_PYTHON 环境变量来强制在特定的 Python 环境中进行探测:Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/usr/bin/python")library(tensorflow)...
Conda和容器技术(如Docker)都是现代软件开发和数据科学中常用的工具,用于解决环境依赖和应用部署的问题。尽管它们有着相似的目标,即确保应用可以在不同的...
exportPATH=/home/ubuntu/software:$PATH#PATH=PWD:$PATH condacreat-cbioconda-nname_envsfastqc#conda子环境安装fastqc condaactivatename_envs#切换到子环境 which-afastqc#a ***Singularity安装和使用*** 1.安装依赖 sudoapt-getupdate&&sudoapt-getinstall-y\ build-...