代码见评论置顶~ SingleR 是一种用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据的自动化细胞类型注释工具。它通过已知细胞类型的参考数据集来推断新样本中的细胞类型。优势自动化和高效:无需手动设置 marker 基因,自动完成注释。灵活性:支持多种人类和小鼠参考数据集。准确性:通过置信度修剪减少错误注释。
labels:ref中所有样本的已知标签的字符向量或因子,一般直接用refdata$label.main即可; method:选择cluster,因为要以cluster为单位进行注释; assay.type.test/assay.type.ref:选择对数据进行Log转化。 代码语言:javascript 复制 ## SingleR注释 cell_singleR<-SingleR(test=data,ref=refdata,labels=refdata$label.main,...
同理可以看看bpe.se数据库的注释情况,选择需要的列作为我们的labels 2. 使用两个参考数据库共同注释 又和二由老师学到新的一招,就是使用两个数据库共同注释我们的细胞亚群,在singleR的帮助文档里说明只要将其整理为list即可 #整理数据并注释 str(sce) anno <- SingleR(sce@assays$RNA$data, ref = list(BP=b...
使用SingleR自动进行细胞注释教程。使用SingleR自动进行细胞注释软件下载和使用我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools,欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作 - 邢博士谈科教于20240501发布在抖音,已经收获了4个
SingleR 是一种用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据分析的自动注释工具。它的主要功能是基于参考数据集为未注释的单细胞数据进行细胞类型注释。SingleR 使用了来自已知细胞类型的参考数据集(如公共的参考表达谱数据库)来推断新样本中每个细胞的类型。
SingleR注释结果展示 首先, 基于singleR参考细胞类型对实验样本的每个细胞进行评分,若细胞在一个参考细胞类型中的得分显著高于其他标签,表示对应的细胞类型可能性越大。结果由细胞评分热图展示,如下图: 图1:细胞评分热图 横轴代表样品中的每个细胞,纵轴为 Single R 参考细胞类型;黄色到蓝色代表细胞评分逐渐降低,细胞在一...
SingleR 1.2.4 1. Introduction 注释单细胞测序数据。注释原理:首先给定参考集,即已知身份的测序数据(single-cell or bulk),然后,SingleR基于相似性注释测试集数据。 流程: 计算测试集中每个样品与参考集中每个样品的相似度(spearman correlation)。这里只考虑marker基因,是来自于参考集中不同label样品两两比较找到的...
单细胞分析数据后,得到族群后,如何将族群进行细胞名称注释是重要的步骤。这里使用SingleR 进行简单的自动注释。 安装需要的R包 需要两个包SingleR 和celldex...
简介:单细胞工具箱|singleR-单细胞类型自动注释(含数据版) 单细胞研究中细胞类型注释是很重要的环节,大致分为人工注释和软件注释。 (1)人工注释需要借助文献检索marker或者结合常用的注释数据库- (2)软件自动化注释一般是使用软件内置数据集进行注释,操作相对简单。但是准确性会相对稍差,不过可以作为一种很好的辅助注...