SingleCellSignalR是一个可以用于细胞通讯分析的R包。它提供了一个完整的管道,集成了细胞聚类和细胞亚群识别方法以及新的细胞网络特定算法。expression_plot_2()Displays the level of expression of two genes in each cell on the 2D projected data(在二维投影数据中,显示每个细胞中两个基因的表达水平)。 图片示...
SingleCellSignalR对其他软件包开放,可以导入其他工具分析的UMI和read count矩阵,也可以使用SingleCellSignalR内置步骤来完成准备步骤。虽然SingleCellSignalR是为scRNA-seq数据设计的,但他可以与新兴的单细胞蛋白质组学技术一起使用。 DATA AVAILABILITY:The R package and LRdb are available fromhttps://github.com/S...
SingleCellSignalR是R中第一个可用的此类工具。它依赖于已知LR交互的综合数据库,作 者称之为LRdb。它还引入了新的正规化打分,旨在适应单细胞数据。LRdb是整合和整理现有 资源以及手动添加的数据库。据作者所知,它是此类数据库中最大的。新的计分方法的优点是 便于在LR交互得分上使用稳定的阈值来控制假阳性(FP...
细胞间的通讯关系的分析方法有很多,诸如SingleCellSign…
SCA-IRCM/SingleCellSignalRPublic NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork12 Star30 master 1Branch 0Tags Code Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit jcolinge added CITATION file ...
inter.net <- inter_network(data = data, signal = signal, genes = genes, cluster = clust$cluster, write = FALSE) Error in .rowNamesDF<-(x, value = value) : invalid 'row.names' length packageVersion("SingleCellSignalR")
SingleCellSignalR是一个开放访问的R包,用户可访问并且可以从https://github.com/sca-ircm获得它。分析结果有多种标签和图形格式。例如,作者提供了一个独特的网络视图,整合了所有的细胞间相互作用,以及受体与细胞内表达通路之间的功能。对相关工具进行了详细的比较。本文使用小鼠表皮数据证明了单细胞信号,并发现了一...