另一个例子就是利用单细胞ATAC-seq对肿瘤微环境的分析。样品是来自basal cell carcinoma的患者,这些患者接受了PD-1抑制剂免疫治疗。scATAT-seq可以区分微环境里的免疫细胞、基质细胞、肿瘤细胞(UMAP plot)。文献作者发现所有的基质细胞和免疫细胞都集中在一起(不同的患者之间),而肿瘤细胞则被清楚的分成4个clusters,...
ChIP-Seq/ATAC-Seq Analysis and Integration with Gene Expression Data lan的记事本 1170 0 44:07 玉米叶片ATAC-seq sz284 342 0 7:35:42 生肉|Single cell RNA-seq data analysis with R (2019) 单细胞RNA测序数据分析教程 zytthechina 3774 1 35:05 嘉因生物-ATAC-seq实验原理及应用 上海嘉因...
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
txci-ATAC-seq generates high-quality single-cell ATAC libraries at high throughput.aSchematic of molecular details of txci-ATAC-seq library generation.bExperimental workflow for txci-ATAC-seq barnyard library generation. After 96-plex tagmentation, nuclei are overloaded on a 10X Chromium microfluidics...
ezSingleCell接受多种格式的数据输入,并返回可用于发布的图表。ezSingleCell在以下方面改进了现有的单细胞数据分析平台:首先,ezSingleCell涵盖了更广泛的单细胞数据分析,包括单细胞多组学、单细胞ATAC-seq和空间转录组学。其次,ezSingleCell提供了超出基本分析流程的高级分析功能,如差异基因表达分析、基因集富集、细胞类型...
use single-cell ATAC-seq to profile accessible chromatin of human fetal retina, reveal transcription factor cascades leading to specific cell fates, compare the chromatin landscape of human fetal retina and hESC-derived retinal organoids, and investigate differences in Notch responses between human ...
使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(二):Constructing cis-regulatory networks 在本教程中,我们将学习使用Cicero基于单细胞ATAC-seq数据进行细胞发育轨迹推断分析。 Cicero的第二个主要功能是扩展了Monocle包的功能,可以利用单细胞染色质可及性数据进行细胞发育轨迹推断分析。单细胞染色质可及性数据的主要特点是稀疏性,因...
单细胞ATAC测序：单细胞表观基因组学水平染色质可及性 单细胞蛋白组测序：目前不是特别成熟 ...3、单...
当然,通量还是比较小。但不可否认的是,现在很多非RNA类Single Cell测序,仍然在采用这样的技术,如Single Cell DNA-Seq,Single Cell ATAC-Seq等,都是采用此技术进行单细胞分选后再分别用不同试剂盒建库。所以可以说,至少在10X和BD,或者其他企业推出有效的Single DNA测序技术之前,C1仍然会是市场上的重要组成部分。
et al. Single-cell ATAC-seq maps the comprehensive and dynamic chromatin accessibility landscape of CAR-T cell dysfunction. Leukemia 36, 2656–2668 (2022). https://doi.org/10.1038/s41375-022-01676-0 Download citation Received18 February 2022 Revised28 July 2022 Accepted01 August 2022 Published...