Benchling：这是一个功能强大的CRISPR guide设计软件，网址是https://benchling.com/。用户可以通过Google账号登录并创建项目，导入序列进行设计。Benchling支持多种CRISPR系统，并提供详细的脱靶预测和分析功能。Cas-Offinder：这是一个用于sgRNA脱靶预测的工具，由韩国首尔国立大学Ki
CRISPR/Cas9包括2部分:Cas9核酸内切酶和sgRNA(single guide RNA),sgRNA由天然的tracrRNA (transactivating crRNA)和crRNA (CRISPR RNA)融合而来。 使用CRISPR/Cas9工具进行基因敲除等基因编辑时,首先要进行sgRNA设计。理论上只要根据PAM序列(SpCas9识别的最佳PAM是5-NGG-3)对所需靶向的物种基因组进行扫描,即可设计所有...
基因结构可视化：清晰展示外显子-内含子结构，避免sgRNA设计在可变剪切区域。局限性 缺乏猪特异性功能注释：基因功能注释多基于同源预测，准确性低于人类或小鼠。无法直接预测脱靶：需结合其他工具（如CRISPOR）完成完整分析。8. NCBI BLAST 优势 快速序列比对：通过局部比对发现sgRNA与非目标区域的相似序列。免费易用：无...
在这项研究中,研究人员描述了CRISPR-ERA网站服务器,是一种自动的、综合的sgRNA设计工具,用于CRISPR介导的基因编辑、抑制和激活(editing, repression and activation, ERA)。CRISPR-ERA利用一种快速算法,搜索全基因组sgRNA结合位点,并利用目前发表的CRISPR编辑、抑制和激活数据中所总结的一套规则,评估了它们的有效性和特...
张峰的好多sgRNA vector用的restriction site 都是BsmBI,所以这里用BsmBI 举例。 找到BsmBI site,圈住,如下图。 BsmBI site的开头是CACC,结尾是CAAA 设计oligo的时候要确保在开头的基础上加G,以确保稳定性。 所…
CasDesigner是一款功能强大的sgRNA设计线上工具，以下是关于CasDesigner的详细介绍：基本功能：sgRNA设计：接受靶标序列、PAM序列、长度和物种信息，筛选出符合条件的sgRNA。outofframe score计算：预测微同源性介导的末端连接修复引入非框内缺失的可能性。脱靶位点预测：调用CasOffinder算法，预测每个sgRNA的脱靶...
Cas-Designer[1]是由韩国首尔国立大学Kim团队研发的一款用于sgRNA设计的工具。Cas-Designer的工作原理是: 1)用户提供靶标序列以及需要设计的sgRNA的PAM序列、长度和物种信息; 2)Cas-Designer在靶标序列上筛选符合条件的sgRNA; 3)对于每一个sgRNA,Cas-Designer会计算out-of-frame score[2],该分数是Kim团队研发的一...
目前尚无工具可以专门设计能够靶向大范围基因组区域的gRNA。开发一个多靶向位点sgRNA工具将为CRISPR系统的许多新应用提供支撑,包括基因组区域的活体成像、控制基因表达、大范围的DNA甲基化引入等。2023年11月12日,Scientific reports在线发表了阿卜杜拉国王科技大学Wolfgang Fischle团队的最新研究成果:‘CRISPR‐broad: combine...
该工具根据大规模的实验室筛选结果结合深度学习,对sgRNA的切割效率及脱靶情况进行估计,从而给出预测结果。鉴于张锋大牛在基因编辑领域的地位和知名度较高,GPP Web Portal可能是目前最为常用的sgRNA设计工具。 2、E-CRISP http://www.e-crisp.org/E-CRISP
Cas-Designer是由韩国首尔国立大学Kim团队研发的一款用于sgRNA设计的工具。它接受靶标序列、需要设计的sgRNA的PAM序列、长度和物种信息，并在靶标序列上筛选出符合条件的sgRNA。对于每一个sgRNA，它会计算出out-of-frame score，用于预测微同源性介导的末端连接（MMEJ）修复引入unwanted in-frame deletions的...