我们先登录网页版Rstudio 用.libPaths()函数查看一下我们目前载入R包的路径 最初Rb包路径 其中第一个是自己家目录下的(拥有读写权限),第二三个是服务器公共的,普通用户是没有写权限的。而我们日常调用的Seurat5就装在第二个路径下,因此我们可以把.libPaths()中的2的路径删掉,不使用服务器提供的公共R包库/hom...
(DL_FUNC) &_Seurat_RunModularityClusteringCpp, 9}, {"_Seurat_RunUMISampling", (DL_FUNC) &_Seurat_RunUMISampling, 4}, {"_Seurat_RunUMISamplingPerCell", (DL_FUNC) &_Seurat_RunUMISamplingPerCell, 4}, {"_Seurat_RowMergeMatrices", (DL_FUNC) &_Seurat_RowMergeMatrices, 5}, {"_Seurat...
识别scRNA-seq和scATAC-seq数据集之间的锚点 为了确定scRNA-seq和scATAC-seq实验之间的 "锚",我们首先使用Signac软件包中的GeneActivity()函数对2kb上游区域和基因体的ATAC-seq计数进行量化,从而产生对每个基因转录活性的粗略估计。随后,来自scATAC-seq数据的基因活性得分与来自scRNA-seq的基因表达量化一起被用作典型相...
seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组对比 展示的非常清楚啦,因为每个教程想说明的情况不一样,所以需要重新把计算线粒体基因含量讲解一下。 为了维持教程的统一性,我这里一直使用sce来代表构建好的seurat对象。 第一种方法 因为计算某些基因含量这个需求实在是太常见了,所以特意设置了一个函数:...
解压后我们得到只有⼀个叫做“GSM3402061_zebrafish_HSC_counts_change.merge.txt”的⽂件，⽽不是Cell Ranger输出的三个⽂件。我们检查⼀下⽂件的内容：其实这就是我们在上⼀步整合出的（基因 x 细胞）的表达矩阵，那么如果我们想直接利⽤Seurat导⼊这个表达矩阵进⾏后续分析该如何做呢？2 Count ...