densmap=T) Epochs completed: 100%| ██████████ 700/700 [00:06]UMAP(angular_rp_forest=True, densmap=True, local_connectivity=1, metric='cosine', min_dist=0.3, n_neighbors=30, random_state=RandomState(MT19937) at 0x7FEDD6687258, verbose=True) Fri Jun 24 14:29:06 2022 Cons...
走标准的seurat流程:这样我们就拥有了具有UMAP降维的数据了! #接下来就是标准流程了,至于其中的参数,差不多就行了,我们的目的主要是为了跑UMAP降维sce1<- NormalizeData(sce1)sce1<- FindVariableFeatures(sce1, nfeatures = 4000)sce1<- ScaleData(sce1,verbose = T)sce1<- RunPCA(sce1,npcs = 50, ve...
需要对seurat对象进行简单聚类后才能添加UMAP坐标信息,可略过直接进行常规分析 obj <- seob_cluster(obj)obj@reductions$umap@cell.embeddings[,1]<-pos[,1] obj@reductions$umap@cell.embeddings[,2]<-pos[,2] 如果只是单细胞数据,以上步骤已经足够了,但如果是重建一个Seurat空间组对象,其实也就是填补image的s...
第一列为细胞barcode的 第二列和第三列分布为降维后的tSNE_1和tSNE_2坐标,如果是umap降维,则为tUMAP_1和tUMAP_2坐标 03 结果导入 利用Loupe Browser打开该样品的loupe文件,一般cellranger会输出此文件。 点击【Projection】---【Import Projection】,然后导入之前准备的坐标轴文件。这里我使用的文件名称为【样品名...
玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改 玩转单细胞(6):单细胞差异基因展示之对角散点图 玩转单细胞(7):修改Seurat对象基因名称 玩转单细胞(8): 单细胞3维聚类图展示 玩转单细胞(9):单细胞Seurat对象数据操作 又来到玩转单细胞系列了,这个系列虽然很小很简单,但都是一些实用性的...
玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改 玩转单细胞(6):单细胞差异基因展示之对角散点图 玩转单细胞(7):修改Seurat对象基因名称 玩转单细胞(8): 单细胞3维聚类图展示 玩转单细胞(9):单细胞Seurat对象数据操作 又来到玩转单细胞系列了,这个系列虽然很小很简单,但都是一些实用性的...
玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改 玩转单细胞(6):单细胞差异基因展示之对角散点图 玩转单细胞(7):修改Seurat对象基因名称 玩转单细胞(8): 单细胞3维聚类图展示 玩转单细胞(9):单细胞Seurat对象数据操作 又来到玩转单细胞系列了,这个系列虽然很小很简单,但都是一些实用性的...
怎样把seurat的对象转换成scanpy能够识别的数据格式呢,这一个是R S3对象,另一个是python的anndata对象。最初的想法是能不能把seurat对象的矩阵和分群信息导出到文件,再手动构建一个anndata对象,真要做的时候发现面临很多困难。 最终经过在google搜索,毫无意外的发现了同道中人,有相同需求的人在bioinformatics上提问Conve...