1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据,但是V3环境中导入V5环境会报错(缺依赖包)。 目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratObject和CreateAssayObject/CreateAssay5Object,两者的区别在于第一个是需要先options(Seurat.object.assay.version = "v3")指定生成的数据版本,而后者是直接根据...
assay.v5 <- CreateAssay5Object(counts = pbmc.counts) class(assay.v3) class(assay.v5) 注意可以直接用命令CreateAssay5Object 创建v5的object # create an assay using only normalized data 仅使用归一化数据创建assay assay.v5 <- CreateAssay5Object(data = log1p(pbmc.counts)) # create a Seurat obje...
adata=sc.read_loom(path+'pbmc.loom'),sparse=True,cleanup=False)adata 方法二:转成h5ad格式,优点是,这就是scanpy官方的格式 首先在R里,要注意新版本的seurat包中,默认seurat assay都变成了v5的格式,可以class一下assay看看 options(Seurat.object.assay.version="v3")# 在最开始处理data的时候,就设定好都是...
# 转换为V5 sc[["RNA"]] <- as(object = sc[["RNA"]], Class = "Assay5") 此方法转换的seurat对象为v3 assays,后面要转化成v5。转换后的orig.ident为sample,需要自己修改,多样本最好转换前,在obs上增加一列sample信息的列,转换后替代成orig.ident。 R包schard转换成功 library(schard) sc <- scha...
但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码里面做SCTransform,因为早期的 NormalizeData(), ScaleData(), FindVariableFeatures()三个函数,使用的也挺好的。但是最近学徒表示他发现了这里面的细节差...
但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码里面做SCTransform,因为早期的 NormalizeData(), ScaleData(), FindVariableFeatures()三个函数,使用的也挺好的。但是最近学徒表示他发现了这里面的细节差...
但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码里面做SCTransform,因为早期的 NormalizeData(), ScaleData(), FindVariableFeatures()三个函数,使用的也挺好的。但是最近学徒表示他发现了这里面的细节差...
如何将Seurat_v4对象转换为Seurat_v5对象 代码语言:javascript 复制 #确认一下所用的Seurat包版本packageVersion('Seurat')###library(ggplot2)#这里是找了一个之前的复现过的数据,将seuratv4对象转为v5对象。 sce=readRDS("./sce.all_int.rds")sce_v4=sce 具体...
data1 <- Read10X_h5("5k_mouse_liver_CNIK_3pv3_filtered_feature_bc_matrix.h5") 3.3 csv格式的文件读取 针对一些从网上下载下来的csv格式的数据,先将csv格式文件读取进来: data2 <- read.csv("matrix.csv",stringsAsFactors = FALSE, row.names = 1) 读取后要先转化为matrix,再转换为稀疏矩阵,dgCMatrix...
与之前的结果一致,作者发现在绘制包括浆细胞和树突状细胞在内的罕见细胞类型时观察到最强的改进(补充图2d)。由于本文的程序与多种集成技术兼容,作者比较了使用mnnCorrect或Seurat v3进行最终对齐步骤时桥架集成的性能,并观察到非常相似的结果(补充图2d)。