CCA(Canonical Correlation Analysis)和Harmony是两种常用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据整合和批次效应校正的方法。 CCA 通过计算两个(或多个)数据集的线性组合,使这些组合之间的相关性最大化,从而找到不同数据集间的共同信号。在单细胞数据整合中,CCA会找到不同批次数据间的“锚点细胞”作为匹配点,这些锚点代表...
单细胞测序数据分析/多样本单细胞SeuratV5标准流程分析全代码/单细胞转录组最新教程/单细胞数据一键分析/单细胞Harmony整合去批次/单细胞实战/入门共计19条视频,包括:单细胞SeuratV5标准流程全代码、单细胞数据下载和读取、单细胞txt&csv&h5格式多样本批量读取整合分析等
时间所限,这里只进行了cca、rpca和harmony的整合方法 代码语言:javascript 复制 #4我们有两个seuratv5的对象,进行整合分析---merged_obj<-merge(x=ifnb_list$CTRL,y=ifnb_list$STIM)merged_obj<-NormalizeData(merged_obj)merged_obj<-FindVariableFeatures(merged_obj)merged_obj<-ScaleData(merged_obj)merg...
Seurat v5中的integratelayer函数支持一行代码完成去批次集成分析,当前支持以下五种主流的单细胞集成去批次方法。 Anchor-based CCA integration (method=CCAIntegration) Anchor-based RPCA integration (method=RPCAIntegration) Harmony (method=HarmonyIntegration) FastMNN (method= FastMNNIntegration) scVI (method=scVII...
许多实验室也发表了强大和开创性的方法,包括Harmony和scVI,用于数据整合分析。虽然在数据集之间匹配共享细胞类型的目标可能对许多问题很重要,但用户也可能担心使用哪种方法,或者整合可能会导致生物分辨率的损失。在Seurat v5中引入了更灵活、更精简的基础设施,用一行代码运行不同的整合算法。这样可以更容易地探索不同整合...
转换后,最后的校准步骤与各种单细胞集成技术兼容,包括Harmony、mnnCorrect、Seurat、Scanorama或scVI。在本文中,使用mnnCorrect算法的实现来执行这一步。 最后,当处理相当大的桥数据集时,大量的原子(桥数据集中的单个细胞)造成了巨大的计算负担。受到Laplacian Eigenmaps所解决的类似问题的启发,为多组数据集计算图Laplacia...
有seurat v5中有5种数据整合方法可以选择,其中scVI是需要在同一个conda 环境中新装一个环境的。 Anchor-based CCA integration (method=CCAIntegration) Anchor-based RPCA integration (method=RPCAIntegration) Harmony (method=HarmonyIntegration) FastMNN (method= FastMNNIntegration) ...
Seurat V5 FindVariableFeatures() and HarmonyIntegration() Question · Issue #8325 · satijalab/seurat (github.com) 2.1 Seurat v5 Log-Normalization Based Integration {pacman::p_load(Seurat,SeuratData,dplyr)options(future.globals.maxSize = 1e+12)ifnb <-UpdateSeuratObject(LoadData("ifnb"))ifnb...
library(harmony) library(ggplot2) #检查当前Seurat版本: packageVersion('Seurat') 01 单样品读入 这里我们以GSE251912为例,单个样本标准文件读入V4和V5差别不大,大家下载需要的样品文件到本地,记得修改好文件夹名和文件名(barcodes.tsv.gz,features.tsv.gz,matrix.mtx.gz)。
大家好,欢迎预约2.14号的直播内容:seurat v5直播,一键完成五种数据整合:harmony,CCA,RPCA,FastMNN,scVI 生信小博士,将在02月14日 21:00 直播预约Seurat v5,一键完成五种数据整合:Harmony,cca,rpca,fastmnn,scVI视频号 由于5种方法中,scVI是最不好安装的包。因此今天发一篇推文介绍一下rstudio环境下如何成功运行...