通过对CCA方法校正后的UMAP表示进行目视检查,Seurat v4和v5 版本都能比较好的校正不同技术平台引入的技术偏差,并且保留了细胞类型的可区分性。 DimPlot(seuObj.combined.sct,group.by = "seurat_annotations",label = T) & labs(title = "V4 Integ") | DimPlot(ifnb,group.by = "seurat_annotations",label ...
目前seurat包已经是更新到5.0.1的版本了,官网上对更新的内容和基本分析流程也都有介绍,那我们来看看V5版本的seurat对象都有哪些更新吧。 assays对象的变化 在V5版本中多了layers结构,将counts、data以及scale.data归类到layers结构下 For example, these layers can store: raw counts (layer='counts'), normalized ...
一:已有V4/V5的seurat,再安装V4/V5 以下展示已有V4,安装V5 ##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##2.安装seuratV5remo...
那正好就是测试一下新版本的Seurat包,也就是V5版本,之前一直在用V4做分析,这次来先试试看V5使用起来有什么不同。 更新本地的R包,然后服务器上用V4版本的Seurat 安装单细胞分析R包 #设置镜像 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/...
单细胞CCA整合流程学习(SeuratV5/V4) CCA(Canonical Correlation Analysis)和Harmony是两种常用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据整合和批次效应校正的方法。 CCA 通过计算两个(或多个)数据集的线性组合,使这些组合之间的相关性最大化,从而找到不同数据集间的共同信号。在单细胞数据整合中,CCA会找到不同批次数据间...
如何将Seurat_v4对象转换为Seurat_v5对象 代码语言:javascript 复制 #确认一下所用的Seurat包版本packageVersion('Seurat')###library(ggplot2)#这里是找了一个之前的复现过的数据,将seuratv4对象转为v5对象。 sce=readRDS("./sce.all_int.rds")sce_v4=sce 具体...
初试Seurat的V5版本 虽然我们一再强调:假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念,大家完全是可以选择降级这个Seurat。主要是因为很多初学者拿到了大量的基于V4版本Seurat的教程会手足无措,其实很容易迁移。所以我们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版本,详见:从零开始配置R编程语言软件环境,而且是在视频号有直播回放...
虽然我们一再强调:假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念,大家完全是可以选择降级这个Seurat。主要是因为很多初学者拿到了大量的基于V4版本Seurat的教程会手足无措,其实很容易迁移。所以我们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版本,详见:从零开始配置R编程语言软件环境,而且是在视频号有直播回放,详见: ...
这里我们以GSE251912为例,单个样本标准文件读入V4和V5差别不大,大家下载需要的样品文件到本地,记得修改好文件夹名和文件名(barcodes.tsv.gz,features.tsv.gz,matrix.mtx.gz)。 #指定数据所在目录: data_dir<-"GSE251912/Cytokines/" #列出目录下文件名: ...
在更新R语言版本和Rstudio时，我遇到了Seurat包安装的问题。原本依赖的V4版本不再适用，促使我借此机会尝试Seurat V5。在安装过程中，遇到了Matrix版本不匹配的报错，尽管包信息显示已安装1.6-4版本，但通过重启Rstudio解决了问题。对于源自Github的COSG包，下载时的名称与加载时略有不同，需要额外处理。