使用readRDS()或load()加载已有对象,这里加载的是v4对象 object <- readRDS("object.RDS") 3.v4,v5对象转换(在v5版本Seurat环境下转换),这里是v4对象转换为v5对象,反之把Class = "Assay5"换位Class = "Assay4"即可 object[['Spatial5']] <- as(object = object[['Spatial']], Class = "Assay5") D...
一:已有V4/V5的seurat,再安装V4/V5 以下展示已有V4,安装V5 ##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##2.安装seuratV5remo...
使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 代码语言:javascript 复制 #查看R包的路径.libPaths()###新建路径,存放seurat_v5getwd()dir.create("~/seurat_v5")#https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5.html ###在...
主要是因为很多初学者拿到了大量的基于V4版本Seurat的教程会手足无措,其实很容易迁移。所以我们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版本,详见:从零开始配置R编程语言软件环境,而且是在视频号有直播回放,详见: 虽然说我们安装了Seurat的V5版本,但是初次使用的时候加载就报错了,如下所示: The sp package is now running...
2、Seurat v5 Integration Work-flow 在Seurat v5 整合工作流程中,相比起 v4,开发团队引入了Layer数据结构, 并且工作流程从代码/可用性角度进行了简化,但v5总体步骤与v4工作流程相同。该流程的主要区别在于,在 Seurat v5 中,校正是在整个对象的全部细胞的low-dimensional space上进行的(默认为PCA空间),而不是将基因...
单细胞CCA整合流程学习(SeuratV5/V4) CCA(Canonical Correlation Analysis)和Harmony是两种常用于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据整合和批次效应校正的方法。 CCA 通过计算两个(或多个)数据集的线性组合,使这些组合之间的相关性最大化,从而找到不同数据集间的共同信号。在单细胞数据整合中,CCA会找到不同批次数据间...
初试Seurat的V5版本 虽然我们一再强调:假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念,大家完全是可以选择降级这个Seurat。主要是因为很多初学者拿到了大量的基于V4版本Seurat的教程会手足无措,其实很容易迁移。所以我们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版本,详见:从零开始配置R编程语言软件环境,而且是在视频号有直播回放...
目前Seurat都已经更新到了V5,假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念,我也是在几百个交流群里面被成百上千人问到了它V5版本的数据结构问题,烦不胜烦啊。我很清晰的摆明了自己的态度, 就是不喜欢它这个“重大”升级,而且我也号召了自己的粉丝们半年内不要升级它:它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包 ...
主要是因为我们依赖于这个V4的版本的Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程,100多个公共单细胞数据集全部的处理,链接:https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?pwd=3heo,而且也有海量的配套视频教程在b站,视频号等渠道,基本上大家能看到的中文笔记都是我们分享的。。。 但...
前段时间我们更新了seurat V5的分析(单细胞Seurat V5基本分析演示),虽然说,V5相比于V4是有些区别,但是也没有区别到天上地下。但是有小伙伴告诉我,他的V5可视化都不行了,这让我着实“惊掉了下巴”,真的没有这么大的差别吧。所以这里我们演示一下相关的基本可视化: ...