通常Matrix 版本过低,或者没有你需要安装 devtools::install_version("Matrix",version = "1.5.4") 解决完成第二个报错后,大家需要依次安装 1.SeuratObject 2.Seurat remotes::install_version("SeuratObject", version = "4.1.1") remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v4.1.1") 四.结尾 ...
搞定Seurat的依赖 安装旧版本的Seruat 如果你需要安装scCustomize,为了与V4匹配,需要安装1.1.3 remotes::install_version("scCustomize", version ="1.1.3")
Seurat在更新到V5版本之后,以前在V4版本运行没问题的代码偶尔会遇到报错,这时候如果不想深究可以直接退回到V4版本,具体运行代码: #先关掉R,再打开remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))install.packages('Seurat',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev')) 注意,这个安装的是4.4.0版本。 library(Se...
【生信圆桌x生信云服务器】在 Docker 版 RStudio 中安装 Seurat V4 的完整教程 (同样适用于普通R环境安装) 生信圆桌x生信云 121 0 【生信圆桌生信云教程】Docker容器RStudio安装系统依赖包教程 生信圆桌x生信云 42 0 LatentSync 数字人工具整合包:安装教程+实用技巧.快速部署 + Triton在Windows安装问题解决.AI...
一:已有V4/V5的seurat,再安装V4/V5 以下展示已有V4,安装V5 ##1.新建一个目录,检查已有的R包默认安装路径,不要重复#检查R包默认安装路径.libPaths()#新建dir.creat("/home/biosof/seurat5/")#保存.libPaths(c('/home/biosof/seurat5/',"/usr/local/lib/R/site-library",...)) ##...
# 1 首先需要先安装V5版本,让他帮我把一系列的依赖问题都给解决掉 install.packages('Seurat') # 2 卸载V5版本 remove.packages(c("Seurat","SeuratObject")) # 3 安装V4版本 install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev')) ...
要运行此教程,需要安装seurat v4。 代码语言:javascript 复制 install.packages("Seurat") 代码语言:javascript 复制 library(Seurat)library(SeuratData)library(cowplot)library(dplyr) 代码语言:javascript 复制 InstallData("bmcite")bm<-LoadData(ds="bmcite") ...
最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。 1 conda create -n seurat4 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* 重点: 建一个单独的R4的文件夹 ...
# 注意 此包目前仅支持Seurat v4版本的绘图,v5会报错library(Seurat,lib.loc="/nas2/zhangj/biosoft/miniconda3/envs/R4/lib/R/library")library(Scillus)library(tidyverse)library(magrittr)packageVersion("Seurat")#[1]‘4.4.0’ a<-list.files("/nas2/zhangj/tools/single_cell/Scillus/Scillus-maste...