1.默认安装v4版本 install.packages("Seurat") 2.因为有个去批次的R包(iSMNN)需要安装V3版本的Seurat,所以我需要安装Seurat v3版本 但是在此过程中一直在报错: library(devtools) devtools::install_version("Seurat",version = package_version('3.2.3')) ##Erro object‘markvario’ is not exported by 'na...
Seurat包安装 在linux或者windows中的Rstudio均可以安装运行,与安装其他R包一致。 install.packages("Seurat") install.packages("dplyr") 数据导入 library(Seurat)library(dplyr)cip<-readRDS("subset_cip.rds")cip1<-CreateSeuratObject(counts=cip,project="CIPs",min.cells=3,min.features=200)cip1[["percent...
我走的流程原网站地址:https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html 首先我们需要在自己的RStudio中安装Seurat包 install.packages('Seurat') library('Seurat') packageVersion("Seurat") ?Seurat 原参考页面中还使用了一些相关的R包,所以我们也需要一并安装上,如果你已经安装了这些包就跳过这一步 i...
具体流程如下：在linux或者windows中的Rstudio均可以安装运行，与安装其他R包一致。结果如下 预处理该步骤非必须，可根据实际情况作出相应变动；其目的就是根据基因的表达量、细胞中及线粒体基因表达量等特征，对细胞进行一个初步的过滤，就是根据可视化结果指定一个阈值，达到或者超过设定的阈值才进入到下游...
Improved and expanded methods for single-cell integration. Seurat v3 implements new methods to identify ‘anchors’ across diverse single-cell data types, in order to construct harmonized references, or to transfer information across experiments. ...
首先是安装 Seurat_v5包 代码语言:javascript 复制 #查看R包的路径.libPaths()###新建路径,存放seurat_v5getwd()dir.create("~/seurat_v5")#https://satijalab.org/seurat/articles/install_v5.html ###在seurat_v5文件夹下安装v5###.libPaths(c('/home/data/t140333/seurat_v5/',"/home/data/t140...
但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码里面做SCTransform,因为早期的 NormalizeData(), ScaleData(), FindVariableFeatures()三个函数,使用的也挺好的。但是最近学徒表示他发现了这里面的细节差...
但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码里面做SCTransform,因为早期的 NormalizeData(), ScaleData(), FindVariableFeatures()三个函数,使用的也挺好的。但是最近学徒表示他发现了这里面的细节差...
但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码里面做SCTransform,因为早期的 NormalizeData(), ScaleData(), FindVariableFeatures()三个函数,使用的也挺好的。但是最近学徒表示他发现了这里面的细节差...
我们的方法(WNN)代表了一种广泛适用的策略来分析单细胞多模态数据集,包括RNA和染色质状态的配对测量,并超越转录组来寻找细胞身份的统一和多模态定义。 安装说明、文档、教程和CITE-seq数据集可以在http://www./seurat获得 介绍 对人类免疫系统中丰富多样的细胞类型进行分类和表征的潜力,为单细胞基因组学提供了一个...