reduction.model = "wnn.umap") 现在我们可以可视化结果,在参考UMAP嵌入上绘制基于其预测注释的scATAC-seq细胞。您可以看到,每个scATAC-seq细胞都根据scRNA-seq定义的细胞本体学被分配了一个细胞名称。 DimPlot( obj.atac, group.by = "predicted.l2", reduction = "ref.umap", label = TRUE ) + ggtitle("ATA...
默认情况下为UMAP assay : 使用功能时提取数据的分析,或用于在图形上运行UMAP构建图形的分析 reduction.model : 包含umap模型的DimReduc对象 return.model : UMAP是否返回uwot模型 umap.method : 要运行的UMAP实现。可以贝乌:运行umap通过uwot R packageuwot-学习:运行umap通过uwot R包并返回学习的umap model...
DimPlot(pbmc, reduction = "umap", label = TRUE, pt.size = 0.5) + NoLegend()
然后看看降维聚类等信息(reductions元素) 其中reductions可以是pca,tsne,umap等等,前提是需要对这个对象跑相关的降维代码。比如如果我们跑了代码: ### 我们可以继续对 RNA 表达数据进行降维和聚类,使用与 scRNA-seq 分析相同的工作流程。 brain <- RunPCA(brain, assay ="SCT", verbose =FALSE) brain <- FindNei...
obj.atac<-MapQuery(anchorset=bridge.anchor,reference=obj.rna.ext,query=obj.atac,refdata=list(l1="celltype.l1",l2="celltype.l2",l3="celltype.l3"),reduction.model="wnn.umap") 现在我们可以可视化结果,在参考UMAP嵌入上绘制基于其预测注释的scATAC-seq细胞。您可以看到,每个scATAC-seq细胞都根据scRNA...
obj.atac<-MapQuery(anchorset=bridge.anchor,reference=obj.rna.ext,query=obj.atac,refdata=list(l1="celltype.l1",l2="celltype.l2",l3="celltype.l3"),reduction.model="wnn.umap") 现在我们可以可视化结果,在参考UMAP嵌入上绘制基于其预测注释的scATAC-seq细胞。您可以看到,每个scATAC-seq细胞都根据scRNA...
其中reductions可以是pca,tsne,umap等等,前提是需要对这个对象跑相关的降维代码。比如如果我们跑了代码: ### 我们可以继续对 RNA 表达数据进行降维和聚类,使用与 scRNA-seq 分析相同的工作流程。brain <- RunPCA(brain, assay ="SCT", verbose =FALSE) ...
pbmc3k<-MapQuery(anchorset=anchors,query=pbmc3k,reference=reference,refdata=list(celltype.l1="celltype.l1",celltype.l2="celltype.l2",predicted_ADT="ADT"),reference.reduction="spca",reduction.model="wnn.umap") 探索映射结果 我们现在可以可视化 2,700 个查询细胞。它们已投影到参考集的 UMAP 图中...
obj.atac<-MapQuery(anchorset=bridge.anchor,reference=obj.rna.ext,query=obj.atac,refdata=list(l1="celltype.l1",l2="celltype.l2",l3="celltype.l3"),reduction.model="wnn.umap") 现在我们可以可视化结果,在参考UMAP嵌入上绘制基于其预测注释的scATAC-seq细胞。您可以看到,每个scATAC-seq细胞都根据scRNA...
I am having an issue similar to that referenced below, but I am using Seurat version 4.3.0. I have tried to map the same reference on two separate Seurat query objects, on which I have previously run RunUMAP(return.model= TRUE), but I ge...