在三个 R 包(Seurat、SingleCellExperiment、Monocle)和一个 Python 包(Scanpy)之间存在一个由dior和diopy两个模块组成的数据 IO 生态 系统。 scDIOR以超快的方式容纳跨编程语言和平台的各种数据类型,包括单细胞 RNA-seq 和空间解析转录组数据,仅在 IDE 或命令行界面中使用少量代码。 conda create -n conda_env...
注意,seurat与其他数据类型的转换最好是在各软件在最新版本,R在4.0以上,否则转换过程要处理很多bug,还不一定能够成功。 Converting toSingleCellExperiment pbmc <- readRDS(file = "../data/pbmc3k_final.rds") pbmc.sce <- as.SingleCellExperiment(pbmc) p1 <- plotExpression(pbmc.sce, features = "MS4A1...
这里我们先将Seurat转成SingleCellExperiment,方便后续操作。😘 代码语言:javascript 复制 sce<-as.SingleCellExperiment(DietSeurat(srat))sce 5.3 背景文件 背景文件我们使用celldex包的数据,大家根据自己的需要选择就行了。😘Note!这个文件里会有两种类型,label.main和label.fine,我们后面都使用一下吧。
我的习惯是将去除双细胞这一质控步骤放在降维聚类之前,用到R包scDblFinder。 因此涉及到Seurat v5 objects转换到SingleCellExperiment objects Seurat v4版本转换步骤很简单,直接套用步骤 sce <- as.SingleCellExperiment(filtered_seurat) sce=scDblFinder(sce,dbr.sd=1) sce <- as.Seurat(sce) sceF2 <- subset...
SingleCellExperiment[1]是一类存储的单细胞实验数据,由 Davide Risso, Aaron Lun, and Keegan Korthauer创建,并被许多 Bioconductor 包使用。在这里,我们演示将PBMC 3k 教程中产生的 Seurat 对象转换为SingleCellExperiment,需要使用Davis McCarthy’s scater包。。 代码语言:javascript 复制 # download from satija la...
1. Converting to/from SingleCellExperiment 从Seurat对象转换为SingleCellExperiment对象 # 数据下载自satija lab#下载地址:https://www.dropbox.com/s/kwd3kcxkmpzqg6w/pbmc3k_final.rds?dl=0pbmc<-readRDS(file="../data/pbmc3k_final.rds")pbmc.sce<-as.SingleCellExperiment(pbmc)p1<-plotExpression(pbm...
SingleCellExperiment的转换 SingleCellExperiment是一类存储的单细胞实验数据,由 Davide Risso, Aaron Lun, and Keegan Korthauer创建,并被许多 Bioconductor 包使用。在这里,我们演示将PBMC 3k 教程中产生的 Seurat 对象转换为SingleCellExperiment,需要使用Davis McCarthy’sscater包。
SingleCellExperiment的转换 SingleCellExperiment[1]是一类存储的单细胞实验数据,由 Davide Risso, Aaron Lun, and Keegan Korthauer创建,并被许多 Bioconductor 包使用。在这里,我们演示将PBMC 3k 教程中产生的 Seurat 对象转换为SingleCellExperiment,需要使用Davis McCarthy’s scater包。。# download from satija lab...
Seurat objects, SingleCellExperiment objects和anndata objects之间的转换。更多loom和Seurat之间的相互转换，见： https://github.com/mojaveazure/loomR AnnData 是 Scanpy 包的数据存储格式， Seurat对象和AnnData之间的转换由 SeuratDisk 完成。参考 ： https://mojaveazure.github.io/seurat-disk/...
Single cell folks need to a pick a file format/structure and stick with it. 生信宝典注:不同文件类型和格式之间的转换确实是一个问题,好在易生信提供了好的解决方案。来这试试?易生信线下课推迟,线上课程免费看 7. 根据基因取细胞子集 也可以提取特定Cluster,进行进一步细分。