如果是标准10x技术空间单细胞文件,只需要 Load10X_Spatial 函数即可一步到位,所以就不再赘述啦。如果想搞清楚什么是标准10x技术空间单细胞文件,详见:10x的空间单细胞文件格式详解
names(formals(Seurat::Load10X_Spatial))#> [1] "data.dir" "filename" "assay" "slice" "filter.matrix"#> [6] "to.upper" "..."args(Seurat::Load10X_Spatial)#> function (data.dir, filename = "filtered_feature_bc_matrix.h5",#> assay = "Spatial", slice = "slice1", filter.matrix...
可以在此处[6]下载数据,然后使用Load10X_Spatial()将其加载到 Seurat 中。这一步读取spaceranger[7]流程的输出,并返回一个包含 spot-level表达数据以及组织切片相关图像的 Seurat 对象。可以使用SeuratData 包[8]轻松访问数据,如下所示。 代码语言:javascript 复制 InstallData("stxBrain")brain<-LoadData("stxBrai...
Load10X_Spatial Load a 10x Genomics Visium Spatial Experiment into a'Seurat'object 这些细节都可以在:https:///github/satijalab/seurat/src/R/preprocessing.R 里面找到。 如果是标准10x技术空间单细胞文件,只需要 Load10X_Spatial 函数即可一步到位,所以就不再赘述啦。
Error in Load10X_Spatial(data.dir = data_dir) : Image must be an object of class 'VisiumV1'. Then to fix this I try to add an image file by using the following command which outputs a "LargeVisiumV1" image_dir <- "/mnt/DATA/LairdLab/rojas/SCT_SpTrProject/data/05outs/spatial/...
示例数据在https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/datasets获得,并使用Load10X_Spatial()函数将其加载到Seurat。这将读取spaceranger管道的输出,并返回Seurat对象,该对象包含spot级别的表达数据以及相关的组织切片图像。 本文的示例数据是10X平台的,内置于SeuratDataR包,加载方式如下: ...
标准10x技术空间单细胞文件的导入后的对象结构 需要理解Seurat包的一些跟10x技术空间单细胞文件的导入相关的函数,比如: Read10X Load in data from 10X Read10X_h5 Read 10X hdf5 file Read10X_Image Load a 10X Genomics Visium Image Load10X_Spatial Load a 10x Genomics Visium Spatial Experiment into a 'Seu...
您可以在这(https://support./spatial-gene-expression/datasets )下载数据,并使用Load10X_Spatial函数将其加载到Seurat。这将读取spaceranger管道的输出,并返回Seurat对象,该对象包含spot级别的表达数据以及相关的组织切片图像。您还可以使用我们的SeuratData包方便地访问数据,如下所示。安装数据集之后,可以键入?stxBrain...
数据来自于10X官网,见10X Datasets; 在本教程中可以使用 Load10X_Spatial() 函数直接导入,返回Seurat 对象,其中reads数据由 spaceranger分析流程产生,包含spot水平的表达数据以及对应的组织切片的图像数据。InstallData("stxBrain") brain <- LoadData("stxBrain", type = "anterior1") ...
您可以从这里下载数据,并使用Load10X_Spatial函数将其加载到Seurat。这将读入spaceranger流程的输出,并返回一个Seurat对象,该对象包含位置级表达式数据以及组织切片的关联图像。您还可以使用我们的SeuratData包来方便地进行数据访问,如下所示。安装数据集之后,您可以输入?stxBrain以了解更多信息 ...