pos=match(ids$ENSEMBL,rownames(sce) ) sce=sce[pos,] sce # 15393 features # rownames(sce) = ids$SYMBOL 本来是准备使用 rownames(sce) = ids$SYMBOL 搞定这个 seurat对象的基因名字转换,但是失败了。 略微搜索了一下,https://github.com/satijalab/seurat/issues/2617提到了一个函数: # https://gi...
ids <- select(org.Hs.eg.db, keys = rownames(project), keytype = "ENSEMBL", column=c("ENSEMBL","SYMBOL")) ids <- na.omit(ids) ids <- ids[!duplicated(ids$ENSEMBL) & !duplicated(ids$SYMBOL),] res <- match(ids$ENSEMBL, rownames(project)) project <- project[res,] rownames(proj...
分析10X Genomics 给出的外周血单核细胞(PBMC)数据集,数据是用Illumina NextSeq 500测的2700个单细胞,下载连接如下:https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz,解压缩后可得到如下图的三个文件,即10X cellranger pipeline生成的标准文件: barcodes.tsv,2700个细胞...
2)genes.tsv:参照 (reference name)会按照Ensembl、NCBI、UCSC网站而有所不同, gene symbol会与 matrix.tsv 的顺序一致。 image.png 3)matrix.mtx:包含 count matrix,行名与gene.tsv上的行名对应,列名与barcodes.tsv相对应。 image.png Seurat 内的【Read10X()】函数可以将上述三文件 raw data整合为一个稀疏...
# read spatial rnaSeq data with ENSEMBL IDs from features.tsv data <- Read10X(data_ENSMBL_dir_pri, gene.column = 1, # 1= ENSEMBL, 2= GENE SYMBOL cell.column = 1, unique.features = TRUE, strip.suffix = FALSE ) # create seurat object from data dgCMatrix seurat_pri_ENSMBL <- Creat...
exp <- read_tsv("symbol.BRCA.txt") head(exp) gene <- read_tsv("gene.txt",col_names = F) colnames(gene) = "Ensembl_ID" gene_exp <- inner_join(exp,gene, by = "Ensembl_ID") class(gene_exp) gene_exp[1:4,1:4] gene_exp1 <- gene_exp[!duplicated(gene_exp[,1]),] ...
#python中导出数据importscipy.sparseassparseimport scipy.ioassioimport scipy.statsasstatsimport numpyasnpimport scanpyasscimport osall_data=sc.read_h5ad("./fibroblast.h5ad")cellinfo=all_data.obsgeneinfo=all_data.varmtx=all_data.X.Tcellinfo.to_csv("cellinfo.csv")geneinfo.to...
pos=match(ids$ENSEMBL,rownames(sce) ) sce=sce[pos,] sce# 15393 features# rownames(sce) = ids$SYMBOL 本来是准备使用 rownames(sce) = ids$SYMBOL 搞定这个 seurat对象的基因名字转换,但是失败了。 略微搜索了一下,https://github.com/satijalab/seurat/issues/2617提到了一个函数: ...
pos=match(ids$ENSEMBL,rownames(sce) ) sce=sce[pos,] sce# 15393 features # rownames(sce) = ids$SYMBOL 本来是准备使用 rownames(sce) = ids$SYMBOL 搞定这个 seurat对象的基因名字转换,但是失败了。 略微搜索了一下,https://github.com/satijalab/seurat/issues/2617 提到了一个函数: ...
pos=match(ids$ENSEMBL,rownames(sce) ) sce=sce[pos,] sce# 15393 features # rownames(sce) = ids$SYMBOL 本来是准备使用 rownames(sce) = ids$SYMBOL 搞定这个 seurat对象的基因名字转换,但是失败了。 略微搜索了一下,https://github.com/satijalab/seurat/issues/2617 提到了一个函数: ...