考虑到两个数据集的细胞barcode可能会重复,为了区分细胞来源,通过add.cell.ids给不同样本的细胞barcode添加一个id: pbmc.combined <- merge(pbmc4k, y = pbmc8k, add.cell.ids = c("4K", "8K"), project ="PBMC12K") pbmc.combined #An object of class Seurat #33694 features across 12721 samples w...
复制 sceList=lapply(samples,function(pro){folder=file.path("GSE135927_RAW/",pro)CreateSeuratObject(counts=Read10X(folder),project=pro)})sce.big<-merge(sceList[[1]],y=c(sceList[[2]]),add.cell.ids=samples,project="ls_12")sce.big 代码语言:javascript 复制 ## An objectofclassSeurat##33...
## 创建一个合并的Seurat对象## 用add.cell.id参数将样品特异的前缀添加到每个细胞ID,用以区分不同样本中的同个细胞IDmerged_seurat<-merge(x=ctrl_raw_feature_bc_matrix,y=stim_raw_feature_bc_matrix,add.cell.id=c("ctrl","stim"))## 查看合并对象是否有对应的样本前缀head(merged_seurat@meta.data)...
sampproj_cc<-RenameCells(sampproj_cc,add.cell.id=name[i])RenameCells(object,add.cell.id=NULL,new.names=NULL,for.merge=FALSE,...)## 批量聚类 pbmc<-FindClusters(pbmc,resolution=seq(0.1,0.4,by=0.02),verbose=FALSE,algorithm=1)## 其他列变成index,和删掉它们 ### Seurat4 转到 Seurat3 umap<...
cells.idents 是老的 named list,key name是 老的细胞名字,value 是对应的 cell id。 ident.pairs 是新的 named list,key name 是老的细胞名字,value 是新的 细胞名字。 比如,把 naive 和 memory CD4+T细胞合并为 CD4+T > table(Idents(object) ) Naive CD4 T B Memory CD4 T FCGR3A Mono NK CD8 ...
add.cell.ids = c("500", "1k", "5k", "10k") ) combined[["ATAC"]] ## ChromatinAssay data with 89951 features for 21688 cells ## Variable features: 0 ## Genome: ## Annotation present: FALSE ## Motifs present: FALSE ## Fragment files: 4 ...
add.cell.ids = samples, project ="ls_12") sce.big## An object of class Seurat ## 33538 features across 2042 samples within 1 assay ## Active assay: RNA (33538 features, 0 variable features)table(sce.big$orig.ident)## ## GSM4038043 GSM4038044 ...
1options(stringsAsFactors =F )2rm(list =ls())3library(Seurat)4library(dplyr)5library(ggplot2)6library(Hmisc)7library(pheatmap)8#读入数据91011#合并gene去batch12expr_1 <- readRDS("C:/Gu_lab/PA/result/pipline_results/P1_normal/expr.RDS")13expr_1 <- RenameCells(expr_1,add.cell.id ="...
1options(stringsAsFactors =F )2rm(list =ls())3library(Seurat)4library(dplyr)5library(ggplot2)6library(Hmisc)7library(pheatmap)8#读入数据91011#合并gene去batch12expr_1 <- readRDS("C:/Gu_lab/PA/result/pipline_results/P1_normal/expr.RDS")13expr_1 <- RenameCells(expr_1,add.cell.id ="...
数据框的列名应与Seurat对象中的细胞ID(cell ID)相对应。 •addMetadata函数会将数据框中的元数据信息添加到Seurat对象的元数据矩阵中,以便后续的分析和可视化。 以下是使用addMetadata函数的示例代码: # 创建一个Seurat对象 seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = my_counts_matrix) # 创建一个包含元数据...