软件运行结果文件得到构建好的seurat对象的rds文件和metadata文件 单个表达矩阵的单细胞测序数据下载读取和构建Seurat分析对象 注意事项 如果是读取的单个表达矩阵文件来构建seurat分析对象的话, 这个表达矩阵文件可以是CSV,TXT, TSV或者csv.gz,txt.gz, tsv.gz 等格式的表格文件 如果这单个表达矩阵文件里面含有多个样本,...
>dim(Seurat_object)[1]195207222 最后来理解一下创建Seurat对象的函数,最重要的参数就是counts,所以Seurat对象可以简单理解为包含着表达矩阵的一个变量。 代码语言:javascript 复制 CreateSeuratObject(counts,project="CreateSeuratObject",assay="RNA",names.field=1,names.delim="_",meta.data=NULL,...) 信息提...
合并多个单细胞数据集的质控教程(适用于第一步构建出的各种seurat对象),代做各领域生信分析和辅导 12:54 CPTAC所有癌症的蛋白组学,转录组,翻译后修饰组学等数据下载处理和差异生存富集等分析教程讲解,代做各领域生信分析和辅导 12:41 h5+spatial_dir类型的空间转录组数据读取和构建Seurat分析对象(读取单样本的情况...
A2 <- CreateSeuratObject(counts = A2, project = "A2",min.cells= 3, min.features = 200) 4. seurat对象 有些文章作者上传的文件时已经构建好的seurat对象,但是需要注意一个问题,有些上传的seurat版本较低,目前的版本打不开,需要更新转化一下。 A4 = UpdateSeuratObject(object = A4) 创建好Seurat对象...
本来是准备使用 rownames(sce) = ids$SYMBOL 搞定这个 seurat对象的基因名字转换,但是失败了。 略微搜索了一下,https://github.com/satijalab/seurat/issues/2617 提到了一个函数: 代码语言:javascript 复制 # https://github.com/satijalab/seurat/issues/2617# RenameGenesSeurat---RenameGenesSeurat<-function(...
单细胞文件形式各式各样,但是最终分析需要的目的文件是一个矩阵,行位基因,列为细胞。这里我们介绍几种常见的文件形式,将他们读入R,并构建可以后续处理的Seurat对象。 1、10X单细胞测序文件 这应该是最常见的,一般10X下机。经过前期处理后,我们拿到手的可有用于后续分析的文件包含三个,第一个是barcode文件,一个是ge...
其实在单细胞系列,我们写过各种情况的数据读入(跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建)。在打包代码2023更新版的开头我们添加了更多形式的数据读取。最近突然有个思路,把不同情况的数据读入和单细胞标准流程直接打包在一起写一个函数。这样的函数又优点、也有缺点。优点:当然是...
构建seurat对象、质控、绘图 # 2.1 构建seurat对象,质控 # In total, 2,343 cells from tumor cores were included in this analysis. # quality control standards: # 1) genes detected in < 3 cells were excluded; 筛选基因 # 2) cells with < 50 total detected genes were excluded; 筛选细胞 ...
单细胞文件形式各式各样,但是最终分析需要的目的文件是一个矩阵,行位基因,列为细胞。这里我们介绍几种常见的文件形式,将他们读入R,并构建可以后续处理的Seurat对象。 1、10X单细胞测序文件 这应该是最常见的,一般10X下机。经过前期处理后,我们拿到手的可有用于后续分析的文件包含三个,第一个是barcode文件,一个是ge...
构建Seurat对象 有了表达矩阵,直接使用 CreateSeuratObject 函数即可,然后慢慢添加这个表达矩阵的一些其它外部属性,全部代码如下: # Create the Seurat object with all the data (unfiltered) main_tiss <- CreateSeuratObject(counts = raw.data) # add rownames to metadta ...