objectvar 必需的。变量或属性的名称,遵循标准变量命名约定。 New 可选的。通常在声明时使用 New,以便可以隐式创建对象。如果 New 与 Set 一起使用,则将创建该类的一个新实例。如果 objectvar 包含了一个对象引用,则在赋新值时释放该引用。不能使用 New 关键字来创建任何内部数据类型的新实例,也不能创建从属...
R语言flextable包 set_header_labels函数使用说明返回R语言flextable包函数列表 功能\作用概述: 此函数用于为flextable的单行标题中的指定列设置标签。 语法\用法: set_header_labels(x, ..., values = NULL) 参数说明: x : flextable对象 ... : 命名参数(名称是数据colnames),每个元素都是一个character...
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# 接着利用limma进行差异分析 BiocManager::install("limma")library(''limma'')groups <- factor(c(rep(''A'', 3,), rep(''B'',3)))design <- model.matrix(~ groups + 0)rownames(design) <- colnames(gsva_scores)compareE <- makeContrasts(groupsA-groupsB, levels = design)fit <- lmFit(...
sapply(X=colnames(iris[,1:4]), function(x){ mean( iris[,x] ) }, simplify = F) 输出: $Sepal.Length [1] 5.843333 $Sepal.Width [1] 3.057333 $Petal.Length [1] 3.758 $Petal.Width [1] 1.199333 (10) grep(..., value=T) 直接返回匹配的元素,而不是下标编号 这一点前面说过,这里再强...
包进行GSEA分析 1.1 读取差异表达的数据 # 加载所需的R包 library(fgsea) # GSEA分析主程序 library(data.table) # 数据处理 library(ggplot2) # 画图处理 library(dplyr) # 数据处理 library(msigdb) # 包含基因集合,通常和GSEA分析共同使用 library(GSEABase) # 可以提供GSEA基础结构和函数,也会被其他包调用...
dMat.setColNames(scf); iMat.setRowNames(scf); iMat.setColNames(scf); Context context = Context.newTopLevelContext(); FileOutputStream fos =newFileOutputStream(out_Rmat); GZIPOutputStream zos =newGZIPOutputStream(fos); RDataWriter writer =newRDataWriter(context, zos); ...
1、回归模型 回归模型利用自带的faithful数据来示例，faithful是某位地质学家在黄石公园旅游景点"Old Faith...
1).使用R软件包 splatter 模拟表达数据; 2).使用 msigdbr下载感兴趣的基因集; 3).将特定的基因集添加到模拟数据中; 4).使用标准的Seurat工作流(v.2.3.4)处理数据; 5).使用singleseqgset执行基因集富集分析; 6).将结果绘制在热图中。 注:我们改为Seurat使用V4版,在利用Seurat时修改了里面涉及的函数及代码...
## colnames(5000): Cell1 Cell2 ... Cell4999 Cell5000 ## colData names(4): Cell Batch Group ExpLibSize ## reducedDimNames(0): ## mainExpName: NULL ## altExpNames(0): colData(sim.groups) #The colData column 'Group' contains the groups of simulated cells ...