(-w定义输出行宽,0不换行,默认为60) $ seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补(-r 序列反向;-p序列互补) $ echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-ACC" | seqkit seq -g -u #删除gap并大写碱基(-g 去除序列中的间隔;-u转化序列为大写字母展示) >seq ACGTACTGCACC $ echo -e ">seq\nUCAUAUG...
-w 代表每行的碱基数量,0代表不换行 #仅仅提取序列 -s seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 1. 2. 3. 4. 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 # 序列反向互补,-r反向,-p互补 seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head 1. ...
seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i --id-regexp ... #通过正则去打印ID中内容(适用于所有的子命令) seqkit seq hairpin.fa.gz -s -w 0 #只打印序列(全局标志-w定义输出行宽,0表示不换行) seqkit seq reads_1.fq.gz -w 0 #转换多行fq为单行fq seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补 echo...
$ #锚定行的结束 如:'grep$'匹配所有以grep结尾的行。 . #匹配一个非换行符的字符 如:'gr.p'匹配gr后接一个任意字符,然后是p。 * #匹配零个或多个先前字符 如:'*grep'匹配所有一个或多个空格后紧跟grep的行。 .* #一起用代表任意字符。 [] #匹配一个指定范围内的字符,如'[Gg]rep'匹配Grep和g...
-w 代表每行的碱基数量,0代表不换行 #仅仅提取序列 -s seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 # 序列反向互补,-r反向,-p互补 seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head ...
在这个文件文件中ks_getuntil()会一直读取数据,直到类似于换行符的分隔提示符。它使用memcpy()移动数据,使用单个循环测试分隔提示符。在10年前刚完成"kseq.h"的时候,zlib还不支持缓冲I/O. 使用zlib读取行非常慢。"kseq.h"对FASTA/Q解析性能上至关重要。
(-w定义输出行宽,0不换行,默认为60)$seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p#反向互补(-r 序列反向;-p序列互补)$echo-e">seq\nACGT-ACTGC-ACC"| seqkit seq -g -u#删除gap并大写碱基(-g 去除序列中的间隔;-u转化序列为大写字母展示)>seqACGTACTGCACC$echo-e">seq\nUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUA"| ...
-s提取并展示序列 -w 代表每行的碱基数量,0代表不换行 #仅仅提取序列 -s seqkit seq gene.fa -s -w 0|head #--将多行序列转化为标准4行FASTQ seqkit seq C1_1.fq.gz -w 0|head 反向/互补 -r 序列反向 -p序列互补 # 序列反向互补,-r反向,-p互补 seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p|head ...
(适用于所有的子命令)seqkit seq hairpin.fa.gz -s -w 0 #只打印序列(全局标志-w定义输出行宽,0表示不换行)seqkit seq reads_1.fq.gz -w 0 #转换多行fq为单行fqseqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-ACC" | seqkit seq -g -u #移除gapcat hairpin.fa | ...
seqkit seq hairpin.fa.gz -s -w 0 #只打印序列(全局标志-w定义输出行宽,0表示不换行) seqkit seq reads_1.fq.gz -w 0 #转换多行fq为单行fq seqkit seq hairpin.fa.gz -r -p #反向互补 echo -e ">seq\nACGT-ACTGC-ACC" | seqkit seq -g -u #移除gap ...