使用seqkit 执行反向互补操作: 假设有一个名为 test.fa 的FASTA 文件,包含需要进行反向互补操作的序列。可以使用以下命令来执行反向互补操作: bash seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 这条命令会将 test.fa 文件中的每条序列进行反向互补操作,并将结果输出到 test_re_com.fa 文件中。 检查...
seqkit序列处理神器的常用命令 seqkit是一个序列处理神器,有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令,详细内容如下 seqkit是一个序列处理神器,有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 s...
#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基seqkit seq -w 100 -p -r test.fa2)Fasta/q之间及与制表符(tab)格式互换FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 。举例:seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.faFASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab举例:seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.faseqkit fx2tab ...
反向互补序列 seqkit seq contigs.fa -r -pDNA 转为 RNA seqkit seq contigs.fa --dna2rnasubseq:通过 region/gtf/bed 获取子序列 获取每条序列的前 3 个碱基 seqkit subseq contigs.fa -r 1:3获取最后 6 个碱基 seqkit subseq contigs.fa -r -6:-1...
取互补序列 --dna2rna DNA to RNA -l 序列以小写字母输出 -g 移除组装序列中的gap -r 取反向序列 --rna2dna RNA to DNA -u 序列以大写字母输出 -w 每行指定长度数据序列(default=60) 代码语言:shell AI代码解释 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta...
seqkit:序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能...,将是非常好的胶水,在处理无论是基因组还是其他组学。定是一个必学神器。注意一下教程...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab ...
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: ...
注意该功能仅能正向匹配,不能实现对互补链匹配。 -f, --pattern-file string 支持匹配模式写到一个文件中,如要提取的序列ID。 -R, --region string 匹配位置选择。e.g 1:12 for first 12 bases, -12:-1 for last 12 bases -r, --use-regexp...
# 将序列转换为一行输出seqkitseqex.fasta -w 0 > test.fasta# 每行输出指定碱基nseqkitseq-w n ex.fasta# DNA序列转换为RNA序列seqkitseq--dna2rna ex.fasta# 取反向互补,切每行100碱基seqkitseq-w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 ...