##细胞类型注释# 使用 ScType 自动分配单元格类型。首先加载两个包#载入基因组构建函数source("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/R/gene_sets_prepare.R")#加载细胞类型注释source("https://raw.githubusercontent.com/IanevskiAleksandr/sc-type/master/R/scty...
scType相关文件下载地址:https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type,跟着官方的代码运行一遍。 rm(list=ls());gc()#一键清空setwd('~/bioinformatics/scType/sc-type/')#设置路径#加载包#BiocManager::install("HGNChelper")lapply(c("dplyr","HGNChelper","openxlsx"),library,character.only=T)library(kn...
在GitHub上提供了可供使用的R包集代码(https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type/) 开源R 实现(https://github.com/IanevskiAleksandr/sc-type) ScType数据库(https://sctype.app/database.php) 总体而言,当前版本的ScType数据库包括17个人体组织中194种细胞类型的3,980个细胞标记物和17个小鼠组织中194种...
ScType是一款自动化的细胞类型识别工具,无需手动干预,只需提供你的scRNA-seq数据,它将使用全面的ScType标记数据库,以非常高的准确性快速注释单细胞类型。这是一个全新的维度,它不仅加速了分析过程,还提供了更精确的结果。与其他方法不同,ScType采用无监督学习,依赖细胞簇和细胞类型的标记基因特异性,识别出高度特异...