1)细胞亚群和克隆型鉴定 首先,通过单细胞转录组测序数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群;从TCR/BCR测序数据中,我们可以鉴定出不同的克隆型信息。 2)免疫细胞亚型鉴定 接着,我们可以对免疫细胞进行再分群分析,鉴定不同的免疫细胞亚型,然后根据确定亚型的T/B细胞数据与TCR/BCR数据进行合并分析,获取每一个T...
通过从单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据重建全长BCR,我们可以在单细胞水平上获得免疫反应多样性和特异性方面的宝贵信息,有助于开发基于抗体的药物,以及研究BCR库改变在癌症和自身免疫性疾病进展中的作用。然而,重建BCR的方法有许多,从测序深度、读长或体细胞高频突变(SHM)数量等影响性能的因素层面评估,哪种方法更好呢?
最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)目前已成功用于破译GC的微环境。 在这篇文章中,作者应用scRNA-seq来绘制来自10名GC患者的肿瘤、癌旁正常组织和匹配有外周血中的免疫、基质和上皮细胞的转录图谱,并结合T细胞受体(TCR/BCR)全谱分析,希望...
最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)目前已成功用于破译GC的微环境。 在这篇文章中,作者应用scRNA-seq来绘制来自10名GC患者的肿瘤、癌旁正常组织和匹配有外周血中的免疫、基质和上皮细胞的转录图谱,并结合T细胞受体(TCR/BCR)全谱分析,希望能有助于胃癌TME和生物学特征的研究。 二、研究内容和结果 1. 构建GC微环境的...
在这篇文章中,作者应用scRNA-seq来绘制来自10名GC患者的肿瘤、癌旁正常组织和匹配有外周血中的免疫、基质和上皮细胞的转录图谱,并结合T细胞受体(TCR/BCR)全谱分析,希望能有助于胃癌TME和生物学特征的研究。 2 研究内容和结果 1. 构建GC微环境的scRNA-seq图谱 ...
例如,慢性粒细胞白血病(CML)细胞通常由BCR-ABL融合基因的存在来定义。虽然基因融合可以在用全转录scRNA-seq流程(例如SmartSeq2)生成的数据中检测到,但检测灵敏度的限制可能导致假阴性。为了可靠地检测基因融合,可以调整scRNA-seq文库制备方案,以包括用于特定基因融合的靶向扩增引物。
保留以下生物型:蛋白质编码,长非编码RNA,反义和属于BCR / TCR(即V / D / J)基因的所有生物型(请注意,较旧的 Cell Ranger 参考版本不包括后者)。去除所有假基因和小的非编码RNA。 软件预打包了多个版本的 Cell Ranger 参考;2020-A 是迄今为止最新版本的参考。下面列出了以前使用的所有 Cell Ranger 单个组件...
初级基因组组装版本(即没有ALT位点)用于所有版本中的比对。注释 GTF 文件使用可在此处找到的脚本进行过滤。保留以下生物型:蛋白质编码,长非编码RNA,反义和属于BCR / TCR(即V / D / J)基因的所有生物型(请注意,较旧的 Cell Ran...
留取入组对象外周血和肝穿组织,流式分选富集CD45+免疫细胞,利用10X Genomics单细胞测序平台进行单细胞转录组、TCR、BCR分析。研究共纳入来自23个人的46个样本,得到24.3万个免疫细胞单细胞转录组。解析了CD8+ T、CD4+ T、NK、T、B、髓系细胞等8个主要免疫细胞群和60个亚群的转录特征及变化特点。
伯豪生物全称上海伯豪生物技术有限公司,在生命科学领域为科研工作者提供技术支持及服务、科研试剂产品的公司。主营业务:单细胞测序、单细胞核测序、单细胞ATAC测序、单细胞TCR测序、单细胞BCR测序、空间基因测序、空间转录组测序、FFPE空间转录组测序等,多组学科研技术服