(2)单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单个细胞水平上构建每个细胞的基因表达谱,旨在揭示单个细胞内的基因表达水平,了解细胞异质性和功能多样性。 二、细胞捕获与技术重复——如何准备测序样本? (1)测序样本的准备 注: 1.Bulk RNA-Seq: 每一个组织切片被视为一个样本,可以取多个切...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
scRNA-seq 是一种研究单细胞的基因表达模式的方法,能够揭示细胞的异质性、功能和调控机制,在生物医药、细胞生物学等领域具有广泛应用。在AI for Science(AI4S)时代,我们可以利用机器学习技术来分析单细胞转录组数据,揭示细胞状态、功能和动态变化。 本次介绍的单细胞转录组分析的流程并不复杂,主要包括以下三个部分: ...
获取公开的人类单细胞基因表达数据集（scRNA-seq 数据集）极大地促进了科学家们对复杂生物系统和各种疾病病因的了解。然而，可访问性的提高也引起了人们对捐赠细胞的个人隐私以及他们的私人健康信息在未经同意的情况下被共享的可能性的更大关注。以前有关这些隐私泄露的研究主要集中在批量基因表达——测量来自组织或样本...
接着,我们可以使用scRNA-seq的数据来注释scATAC-seq的细胞亚群,最后我们可以通过WNN分析将scATAC-seq和scRNA-seq数据进行整合,构建两组学整合的细胞图谱,并比较两组学的一致性。通过两组学数据的相互验证,可以帮助我们更准确地识别细胞亚群且更深入分析细胞的异质性。
单细胞RNA-seq数据分析总览 1. 比对到参考基因组 使用STAR或Tophat等比对软件,可以将FASTQ数据比对到特定的参考基因组,cellranger使用STAR作为比对软件,然后通过基因注释GTF文件根据reads的比对情况,将reads分类为外显子、内含子和基因间区。 2. 质控 为什么要进行质控? 在单细胞悬液的制备过程中,由于实验操作、技术...
导入scRNA-seq数据 无论使用哪种技术或流程来处理您的单细胞RNA-seq序列数据,输出通常都是相同的。也就是说,对于每个单独的样本,您将拥有以下三个文件: 包含细胞ID的文件,表示量化的所有细胞 包含基因ID的文件,表示量化的所有基因 每个细胞的每个基因的表达矩阵 ...
一般来说,我们先对scRNA-seq数据聚类和注释,然后通过scRNA-seq注释结果再对scATAC-seq数据进行注释,最后我们将scRNA-seq+scATAC-seq数据整合,得到单个细胞中的基因表达和染色质开放性数据,通过WNN算法将相似的细胞聚类到一起,形成两组学整合的细胞图谱。从整合的细胞图谱中我们可以研究两组学的一致性,发现两组学一致的...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
在这个短文中，我们重分析了一篇发表在Nature Neuroscience的scRNA-seq数据，发现ApoE在衰老和年轻小鼠之间有非常显著的变化（p value < 1e-12）。这个变化无法在bulk RNA-seq数据中发现（p value ~ 0.5）。通过 cell-cell interaction 分析，我们还发现了同 ApoE 相互作用的一个重要基因 Lrp1，可能和ApoE 一起...