scMappR用于提供差异表达基因(DEG)相对于细胞类型的特异性信息,它通过下示公式将bulk差异基因的倍数变化(△)与scRNA-seq参考数据库的细胞表达的特异性倍数变化(ξ)、细胞类型比例(π)和两种情况的细胞类型的比例的比值进行计算得到细胞权重倍数变化(cw△),...
4、scDD:考虑了四种不同模式的分布在生物和跨生物条件下的基因表达值。 (参考文献:A statistical approach for identifying differential distributions in single-cell RNA-seq experiments.) 5、非参数方法:D3E,使用两个非参数方法,Cramer-von Mises实验和Kolmogorov Smirnov实验,比较每个基因在不同条件下的表达值的...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
4、scDD:考虑了四种不同模式的分布在生物和跨生物条件下的基因表达值。 (参考文献:A statistical approach for identifying differential distributions in single-cell RNA-seq experiments.) 5、非参数方法:D3E,使用两个非参数方法,Cramer-von Mises实验和Kolmogorov Smirnov实验,比较每个基因在不同条件下的表达值的...
当将两个基因组序列比对在一起时,共享/同源区域的识别也可以帮助解释序列之间的差异。同样,对于 scRNA-seq 整合,我们的目标不是消除不同条件下的生物学差异,而是在第一步中了解共享的细胞类型/状态 - 特别是因为这将使我们能够比较这些单个细胞类型的控制刺激和控制概况。 Seurat v5 整合过程旨在返回一个单维缩减...
scRNA-seq - 综合分析:保守标记和差异表达基因 #rna-seq原理 #rna-seq视频讲解 #rna-seq数据分析课程#rna-seq分析 #flowhub #生信分析 #生信实验室 #生信云 #rna-seq结果解读在两个样本分析流程的第三个也是最后一个视频中,我们将看到如何获取样本之间的保守簇标记和差异表达基因,以及如何可视化基因/基因列表。
特征选择可以删除无效基因,并识别最相关的特征(基因),以减少下游分析中使用的维度数量。通过执行特征选择来减少基因数量可以在很大程度上加速scRNA-seq数据的计算。差异表达基因的筛选在 bulk RNA-seq实验中是一种广泛应用的特征选择方法,但由于调用scRNA-seq数据需要预定的或同构的子总体信息,因此很难应用于scRNA-seq数...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
提取了具有scRNA-seq数据和成对TCR信息的T细胞,将其重新聚类为CD8+簇、CD4+簇、Treg簇和代表T细胞当前在细胞周期中进展的循环簇。CD8_C1和CD4_C1簇均表达幼稚标记基因,表明其初始状态。CD8_C2与效应器功能相关。CD8_C3的特点是细胞毒...
表S2大白菜叶片scRNA-seq数据中PMCs和SMCs差异表达基因。 表S3 15个拟南芥rpeg中参与近轴细胞或栅栏叶肉细胞发育的27个同源基因列表。 Figure 1Identification of adaxial and abaxial mesophyll cells from Chinese cabbage. (a)ScRNA-seq workflow of Chinese cabbage leaves. (b) UMAP visualization of thethree repl...