scRAN工作流程 单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分...
生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F...
Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2. Nat Protoc 9(1), 171-181 测序结束之后就是数据的分析了,总体数据分析流程如下图所示,前面三步(黄色)对于任何高通量测序数据是通用的,紧随其后的四步(橙色)是要将传统RNA-Seq分析中已有的方法和新开发的方法结合起来解决scRNA-seq的技术差异问题,最...
单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据的预处理流程:原始测序结果 FASTQ文件:主要包含多对 核苷酸序列和 质量分数 的FASTQ文件。(核苷酸序列中包含区别不同细胞的信息)(质量分数表明核苷酸序列的可信程度) 细胞× 基因表达矩阵 .h5ad/.h5/10x文件:将 FASTQ 文件中的序列与参考基因组进行比对,并计算每个基因在每个细胞中...
单细胞lncRNA测序(scRNA-lncRNA seq) 普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性...
经过8年多时间的发展,如今不同的scRNA-seq流程有了大量改进,它们一般都分为四步: 1. 单细胞(核)的分离和裂解 2. 反转录 3. cDNA扩增 4. 测序文库制备 1.1.1.单细胞分离的步骤至关重要 除游离细胞外的细胞分离,有两条路线: i. 组织切片 - 激光捕获显微切割(LCM)或者 膜片钳(Patch clamp) ...
从测序仪中得到的常见原始测序数据有二进制式的BCL 或FASTQ 文件。对于BCL文件需要先转化为FASTQ格式,然后进行QC,Demultiplexing,通过基因组比对和定量得到count matrix。主要步骤包括有: · Read QC:获取原始数据后的第一步就是要检查数据质量;fastqc是大家比较熟悉的工具, 可以用于bulk RNA-seq 和scRNA-seq。
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。
单细胞RNA测序数据在许多方面与bulk RNA测序不同。大多数scRNA-seq技术生成的read序列包含三个关键信息: 识别RNA转录本的cDNA片段; 细胞barcode(CB)用于识别表达RNA的细胞; 唯一分子标识符 (UMI) 用于处理PCR重复read。 与bulk RNA测序相比,scRNA-seq处理的RNA量要少得多,并且进行更多的PCR循环。因此,UMI变得非常有...