什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
🤩 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程(从原理到代码实操)(一) na 1写在前面炙手可热的单细胞测序(scRNA-seq)大家肯定都或多或少听过一些,从今天开始陆续分享我的学习笔记,有不对的地方大家多指正~🤒 在开始前我们先思考几个问题,如下:👇 Q1: 什么是scRNA-seq,它与bulk RNA-seq相比如何? Q2: s...
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq),简单从字面理解,就是一种在单细胞水平上对转录组进行测序分析的技术。目前,这项技术已经得到了广泛地应用,并在应用中不断地快速发展,成为我们研究细胞类别、疾病发生过程等问题的有力工具。 为什么要用scRNA-seq? 传统的批量测序(bulk RNA sequencing)有一...
scRNA-seq技术 基于便携的负压装置将带有标签的 mRNA 捕获磁珠与单个细胞或者细胞核包裹在液滴中,采用 Droplet index 的技术实现磁珠的超泊松分布,在液滴中完成细胞裂解和捕获 mRNA 分子及用于识别来自同一液滴磁珠的标签序列,对 cDNA 和 Droplet index 进行文库构建和测序,...
scRNA-seq 是一种研究单细胞的基因表达模式的方法,能够揭示细胞的异质性、功能和调控机制,在生物医药、细胞生物学等领域具有广泛应用。在AI for Science(AI4S)时代,我们可以利用机器学习技术来分析单细胞转录组数据,揭示细胞状态、功能和动态变化。 本次介绍的单细胞转录组分析的流程并不复杂,主要包括以下三个部分: ...
具体的解决方案,我们后面再介绍吧。😘 3.3 常用protocol的对比 这里我们比较一下目前常用的protocol,这里不包括Smart-seq3和Smart-seq3xpress,后面我们单独介绍这两种方法。 4细胞捕获 目前应用最广泛的三种方法为microtitre-plate,microfluidic-array和microfluidic-droplet。
scRNA-seq技术在生物学标志物发现、疾病研究等方面具有重要意义。它能揭示细胞水平上的基因表达差异，弥补了传统批量RNA测序方法的不足。通过细胞分群分析，可以准确识别基因之间的关系，揭示细胞类型和状态的复杂性。然而，scRNA-seq分析面临挑战。数据量巨大，单细胞测序深度较低，且存在跨细胞/样本的生物学...
过去几年,scRNA-seq已被应用于发现新的细胞类型,探索动态发育过程,鉴定基因调控机制,揭示随机等位基因表达。 这篇综述只着重介绍了胚胎植入前发育和大脑皮层,在这两个方向上scRNA-seq有了巨大的概念性发展。 1.2.1.胚胎植入前发育 生命起源于一个受精卵,受精卵的分化过程受转录水平调控形成三个主要的细胞谱系。这个...
单细胞测序技术一直是讨论热度极高的话题,除了单细胞转录组测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq)也逐渐引起科研人员的注意,使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基...