library(SCENIC) db='cisTarget_databases/' list.files(db) # 保证cisTarget_databases 文件夹下面有下载好2个1G的文件 scenicOptions <- initializeScenic(org="hgnc", dbDir=db , nCores=4) saveRDS(scenicOptions, file="int/scenicOptions.Rds") saveRDS(cellInfo, file="int/cellInfo.Rds") 可以看到前面...
转录因子分析还需要自行下载最新更新的数据库(https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/): 数据库储存在/data/index_genome/cisTarget_databases/ 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 mkdir/data/index_genome/cisTarget_databases/cd/data/index_genome/cisTarget_databases/ 下载数据库: ...
AI代码解释 ### Initialize settingslibrary(SCENIC)db='cisTarget_databases/'list.files(db)# 保证cisTarget_databases 文件夹下面有下载好2个1G的文件 scenicOptions<-initializeScenic(org="hgnc",dbDir=db,nCores=4)saveRDS(scenicOptions,file="int/scenicOptions.Rds")saveRDS(cellInfo,file="int/cellInfo.Rds...
1.初始化设置 ### Initialize settings library(SCENIC) scenicOptions <- initializeScenic(org = "mgi", dbDir = "cisTarget_databases", nCores = 1) # scenicOptions@inputDatasetInfo$cellInfo <- 'int/cellInfo.Rds' saveRDS(scenicOptions, file = "int/scenicOptions.Rds") 2.构建基因共表达网络 #...
db='cisTarget_databases/'list.files(db)# 保证cisTarget_databases 文件夹下面有下载好2个1G的文件scenicOptions <- initializeScenic(org="hgnc", dbDir=db , nCores=4) saveRDS(scenicOptions, file="int/scenicOptions.Rds") saveRDS(cellInfo, file="int/cellInfo.Rds") ...
除了必要的R包之外,需要下载RcisTarget的物种特定数据库(https://resources.aertslab.org/cistarget/;主题排名)。默认情况下,SCENIC使用在基因启动子(TSS上游500 bp)和TSS周围20 kb (+/- 10kb)中对模序进行评分的数据库。 Forhuman: dbFiles <- c("https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_...
除了必要的R包之外,需要下载RcisTarget的物种特定数据库(https://resources.aertslab.org/cistarget/;主题排名)。默认情况下,SCENIC使用在基因启动子(TSS上游500 bp)和TSS周围20 kb (+/- 10kb)中对模序进行评分的数据库。 Forhuman: dbFiles <- c("https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_...
保证cisTarget_databases 文件夹下面有下载好2个1G的文件 scenic <- initializeScenic(org="hgnc", db=db , nCores=4) saveRDSscenicOptions, file="int/scenicOptions.Rds") saveRDScellInfo, file="int/cellInfo.Rds") ## Co-expression network genes <- geneFiltering(exprMat, scenicOptions) ...
不同物种不一样, 在https://resources.aertslab.org/cistarget/查看自己的物种,按需下载,因为示例数据是小鼠表达矩阵,所以这里我们下载小鼠的,并且构建了一个 cisTarget_databases 文件夹 来存放下载好的数据库文件。 ### Initialize settingslibrary(SCENIC)# 保证 cisTarget_databases 文件夹下面有下载好2个1G的文...
scenicOptions <- initializeScenic(org="mgi", dbDir="cisTarget_databases", nCores=10) Note that I had to use old versions of the mouse database feather files available here: https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/old/ running initializeScenic generates the error message: ...