SCENIC的应用场景包括基因调控研究、单细胞数据分析以及转录因子功能挖掘。它不仅能够预测靶基因,还能构建完整的基因调控网络,为研究提供全局视角。此外,SCENIC还支持自定义转录因子数据库和多种输入数据格式,适应不同的研究需求 。 SCENIC可视化的代码如下: 1. 加载Pbmc3k数据以及loom文件 library(stringr) library(Seurat...
1、网页版:https://scope.aertslab.org/ 把数据从左侧工具栏处上传之后就可以个性化分析了~ 2、R和Python就殊途同归啦~ 笔者基于github和曾老师的分享进行简单可视化的练习和整理。 关于GRN调控网络知识和pyscenic流程可以见笔者之前的推文: 基因调控网络(gene regulatory network-GRN)分析基础概念https://mp.weixin....
可视化 pyscenic 结果说明 其他 非人、小鼠、果蝇物种 2023-06 更新 README SCENIC 分析 转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组,与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ,调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录因子可以调节基因组DNA开放性、募集RNA聚合酶进行转录过程、募集辅助因子调节特定的转录阶段,调控...
单细胞转录因子SCENIC下游个性化分析背景音乐:相许, 视频播放量 1332、弹幕量 0、点赞数 12、投硬币枚数 8、收藏人数 20、转发人数 3, 视频作者 KS科研分享与服务, 作者简介 ,相关视频:【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果,pyscenic单细胞转录因子分析视频
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之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析,但生成的结果没有进行可视化,所以本篇文章将介绍可视化的内容。 本篇可视化主要分成三个部分: 1、常规热图 2、基于Seurat对象作图 3、网络图 4、plotRSS气泡图 SCENIC/pySCENIC结果具体展示什么呢?
运行SCENIC参考文献 Cytoscape视频教程 本教包括: 一、pyscenic对单细胞进行转录因子的分析; 二、筛选不同细胞类型差异表达转录因子; 三、通过Cytoscape对不用细胞类型差异转录因子进行可视化。 1、pyscenic对单细胞进行转录因子的分析 需要一些依赖 conda create-n pyscenic python=3.7conda activate pyscenic ...
我们的内容是基于pySCENIC输出的结果,很多小伙伴问R语言版分析的SCENIC能够做这个分析,当然是可以的,因为这个只是下游分析和可视化内容,所以是通用的。这里的话我们对之前的内容进行一个更新和更正。更新的是:将之前分析可视化函数包装的功能更加强大,解决了热图自动化注释Module名称、自动框选Module模块、Module颜色设置等...
泉景区CAD数据源进行分类转换、数据编辑等预处理工作;然后用三种方法建模,并且从不同精度的相同方法和相同精度的不同方法来比较出最佳的建模方法,得出珍珠泉的数字高程模型;在此基础上,利用ArcSence软件对珍珠泉的数字高程模型进行晕渲图、明暗等高线、分层设色地形图、影像叠加漫游的制作来实现对珍珠泉景区的可视化表达...
SCENIC教程中给出三个方法进行下游的可视化分析,分别可以选择网页(SCope)平台,R或者python进行分析。 1、网页版:https://scope.aertslab.org/ 把数据从左侧工具栏处上传之后就可以个性化分析了~ 2、R和Python就殊途同归啦~ 笔者基于github和曾老师的分享进行简单可视化的练习和整理。 关于GRN调控网络知识和pyscenic流...