此外,结合作者新开发的读取模拟器scReadSi,scDesign3能够生成逼真的合成读取,解锁了对读取级别生物信息学工具进行基准测试的能力(图1h右侧) 在第四个设置中,scDesign3模拟了通过测序对转录组和表位进行细胞索引的CITE-seq数据集,并从“分别”测量的RNA表达和DNA甲基化模式中模拟了一个多组学数据集(SCGEM)。首先,sc...
scDesign3的功能一:模拟 图1 作者验证了scDesign3作为一个逼真且多功能的模拟器,在如下四个示例设置中:(1)连续细胞轨迹的单细胞RNA测序(scRNA-seq),(2)空间转录组学,(3)单细胞表观基因组学和(4)单细胞多组学(图1)。作者展示了scDesign3生成的合成数据与测试数据保持一致。 在第一个设置中,scDesign3模拟...
作者使用scDesign3估计了不同基因随拟时序的变化和不同基因在二维空间内的变化,以及不同细胞类型内基因-基因相关性的模式。scDesign3提供了基于模型似然度的无监督度量,得以评估从数据中推断的细胞轨迹和数据的拟合程度。最后,scDesign3...
图1:scDesign3的功能:左,scDesign3可以生成多种仿真数据;右,scDesign3可以解释真实数据,以非监督的方式评价标签质量,且生成用户指定特征的对照数据 总的来说,scDesign3是一个多功能套件,用于基准测试计算方法和解释单细胞和空间组学数据...
总的来说,scDesign3是一个多功能套件,用于基准测试计算方法和解释单细胞和空间组学数据。 单细胞基因组学和空间转录组学为人们认识细胞中的分子生物学机制提供了全新的视角。单细胞转录组学RNA-seq技术通过测量细胞的转录组帮助人们识别离散的细胞类型或连续的细胞分化轨迹。其他单细胞组学技术,例如染色质可及性,DNA甲...
The parameters ofscdesign3()are: sce: A SingleCellExperiment object. assay_use: A string which indicates the assay you will use in the sce. Default is 'counts'. celltype: A string of the column name of the cell type variable in the colData of the sce. Default is 'cell_type'. The...
We present a statistical simulator, scDesign3, to generate realistic single-cell and spatial omics data, including various cell states, experimental designs and feature modalities, by learning interpretable parameters from real data. Using a unified prob
Using a unified probabilistic model for single-cell and spatial omics data, scDesign3 infers biologically meaningful parameters; assesses the goodness-of-fit of inferred cell clusters, trajectories and spatial locations; and generates in silico negative and positive controls for benchmarking computational...
作者提出了一种模拟器,名为scDesign3,用于生成逼真的单细胞和空间组学数据,包括各种细胞状态、实验设计和特征模态。该模拟器通过从真实数据中学习可解释的参数。使用单细胞和空间组学数据的概率模型,scDesign3推断出具有生物学意义的参数;评估推断的细胞群集、轨迹和空间位置的拟合度;并生成计算模拟的阴性控制控和阳性...
总的来说,scDesign3是一个多功能套件,用于基准测试计算方法和解释单细胞和空间组学数据。 UCLA生物信息学博士生宋东源为论文第一作者,统计系博士生王清扬为论文第二作者,李婧翌教授为论文通讯作者。scDesign3的R包和在线教程可参考: https://songdongyuan1994.github.io/scDesign3/docs/index.html ...