Highlight Cluster(s) scCustomize工具包中的Cluster_Highlight_Plot()函数,用于在单细胞数据可视化中突出显示特定的细胞簇(cluster),以便更清晰地确定它们在图中的位置。 当我们使用Dimplot函数直接展示分群结果,即使使用了优化的颜色方案,当同时绘制所有细胞簇时,仍然难以确定各个簇的边界。 函数Cluster_Highlight_Plot...
scCustomize 多基因联合密度图 FeaturePlot中提供了 blend = TRUE 参数,来可视化两个基因的共表达情况但是不支持两个基因以上的共表达。 FeaturePlot(pbmc, features = c("CD3E","CD3D"), blend = TRUE) 在scCustomize中可以用Plot_Density_Joint_Only函数进行多基因联合密度图的绘制,密度图是通过Nebulosa包实现的...
scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包,里面集合了一些常用的数据可视化方法,可以与Seurat包进行很好的联用,支持Seurat,LIGER和SCE等常用对象的数据。 image.png R包安装 直接使用devtools包进行安装 devtools::install_github(repo="samuel-marsh/scCustomize")remotes::install_github(repo="samuel-marsh/scCus...
scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包,里面集合了一些常用的数据可视化方法,可以与Seurat包进行很好的联用,支持Seurat,LIGER和SCE等常用对象的数据。 image.png R包安装 直接使用devtools包进行安装 devtools::install_github(repo="samuel-marsh/scCustomize")remotes::install_github(repo="samuel-marsh/scCus...
scCustomize 2.0.1 单细胞序列化数据分析及可视化工具包说明书
Hi Sam, I am using Iterate_FeaturePlot_scCustom for genes differentially expressed in my WT and KO clusters. When I use split.by the plots in the pdf files are very compressed horizontally and there doesn't seem to be a way to widen them...
由于你没有指定仓库名将使用默认的仓库docker.io,如: docker.io/komais/seurat5_sccustomize:latest github-actions bot changed the title komais/seurat5_sccustomize:latest docker.io/komais/seurat5_sccustomize:latest Jul 30, 2024 github-actions bot commented Jul 30, 2024 镜像docker.io/komais/seura...
scCustomize_Logo.svg104.8 KB2024-12-19 02:40 域名使用规则 公网访问地址:https://mirrors.aliyun.com/ ECS VPC网络访问地址:http://mirrors.cloud.aliyuncs.com/ ECS 经典网络访问地址:http://mirrors.aliyuncs.com/ 新镜像源需求 没有找到所需镜像?点击申请增加!
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scCustomize是一个旨在简化和加速单细胞RNA测序数据分析的工具,它通过提供定制化的可视化、改进的绘图函数、迭代绘图功能、数据导入辅助以及分析简化功能来实现这一目标。 scCustomize已经上传到CRAN,可以直接使用install.packages("scCustomize")进行下载,不过在Github上有其详细的使用说明页面 ...