scATAC-seq已成为剖析调控环境和细胞异质性的强大工具。近日,《Nature Biotechnology 》发表了一项scATAC-seq方法的基准测试,研究人员使用人类外周血单核细胞(PBMC)作为参考样本,对8种scATAC-seq方法的性能进行了基准测试,并开发了PUMATAC(一种通用的预处理流程),用于处理各种测序数据格式。 研究团队对8种不同的scATAC-...
进一步地，作者们建立了一个线粒体基因组分析工具箱（Mitochondrial Genome Analysis Toolkit，mgatk），可以通过mtscATAC-seq对复杂的细胞群体中的克隆结构进行鉴定以及通过高通量的、高质量的方法对单细胞状态相关的线粒体DNA变体进行分析。另外，作者们也使用mtscATAC-seq技术对体内和体外的造血干细胞谱系进行克隆追踪。
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。
scATAC-seq 中的染色质可及性 “峰”,作为数据解读的关键指标,其定义却充满了主观性,这使得不同研究间的数据难以进行有效的比较和整合。这些 “峰” 本质上是测序读数相较于背景水平出现富集的基因组区间,读数丰度高通常暗示着可能存在活跃的候选调控元件(CREs),但峰的位置和宽度极易受到实验方法的影响。在后续的...
ATAC-seq 能够利用 Tn5 转座酶在全基因组范围内鉴定染色质开放区域,是研究表观遗传调控的有力工具。随着单细胞技术的不断发展,我们能够在单细胞水平研究染色质可及性,但相比于scRNA-seq,scATAC-seq 的数据十分…
中山大学徐锦课题组综述了scATACseq数据分析方法，主要包括以下方面：数据预处理：这是scATACseq数据分析的第一步，涉及原始数据的清洗、过滤和标准化，以确保后续分析的准确性和可靠性。质量评估：对预处理后的数据进行质量评估，包括检查数据的一致性、完整性和噪声水平，以确保数据满足分析要求。染色质图谱...
传统的scATAC-seq方法在处理线粒体时效率低下，mtscATAC-seq通过优化液滴技术的工作流程，采用特定的实验条件（如Omitting洋地黄皂苷和Tween-20的Condition A）和甲醛固定，显著提高了线粒体DNA的覆盖率和获取率。研究人员还开发了一种计算方法，确保线粒体基因组的高精度映射，进而进行线粒体疾病相关克隆...
本发明公开了一种联合分析单细胞scRNA‑seq和scATAC‑seq的流程方法,包括scRNA‑seq分析、scATAC‑seq分析、scRNA‑seq和scATAC‑seq联合分析;本发明结构科学合理,使用安全方便,分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足...
摘要 随着测序技术的发展,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)与单细胞染色质可及性测序(single-cell assay for transposase-accessi...展开更多 With the advancement of sequencing technologies,the advent of scRNA-seq(single-cell RNA sequencing)and scATAC-seq(single-cell assay for ...
这种方法将来自 scRNA-seq 数据的基因表达矩阵与来自相同细胞类型的 scATAC-seq 数据的基因活性矩阵整合在一起。将它们投影到最大相关维度后,使用 MNN 算法将细胞标记从 scRNA-seq 数据转移到 scATAC-seq 数据。尽管具有高度主导的细胞类型或与其他组学数据不匹配的细胞类型的样本显示出准确性方面的局限性,但细胞身份...