TSS富集在不同方法中也存在显著分层,10x v1.1、mtscATAC 和s3-ATAC得分≤ 21.7,10x v1、v2、multiome和HyDrop样本得分在25.2至27.6 之间,Bio-Rad ddSEQ得分平均为32.6。HyDrop (38.5%)、mtscATAC-seq (37.3%) 和s3-ATAC (18.9%) 中的FRIP显著低于Bio-Rad ddSEQ 和其他10x方法(57.3–62.7%)。 随着测序深...
进一步地，作者们建立了一个线粒体基因组分析工具箱（Mitochondrial Genome Analysis Toolkit，mgatk），可以通过mtscATAC-seq对复杂的细胞群体中的克隆结构进行鉴定以及通过高通量的、高质量的方法对单细胞状态相关的线粒体DNA变体进行分析。另外，作者们也使用mtscATAC-seq技术对体内和体外的造血干细胞谱系进行克隆追踪。
与scRNA-Seq一样,scATAC-Seq的测序数据需要大量的预处理才能进行下游分析。关于scATAC-Seq的预处理和下游分析,这篇文献介绍得最详尽。scATAC-Seq的预处理包括六步——读段(Read)预处理、质量控制(Quality Control,QC)、峰(Peak)注释、矩阵构建、矫正批次效应(Batch Effect Removal)以及降维(Dimensionality Reduction)/...
scATAC-seq建库原理 以10x 建库方法为例[5],比较scATAC-seq 和scRNA-seq建库方法的异同。 二者都用胶珠(GEMs)的方法,不一样的是ATAC胶珠上的序列中不用UMI,因为基因组只有一对序列,无需像RNA一样定量。另外序列末端用接头引物Read 1N代替PolyT。 scRNA-seq通过结合cDNA的PolyA尾进行扩增,而scATAC-seq的DNA片段...
ATAC-seq 能够利用 Tn5转座酶在全基因组范围内鉴定染色质开放区域,是研究表观遗传调控的有力工具。随着单细胞技术的不断发展,我们能够在单细胞水平研究染色质可及性,但相比于scRNA-seq,scATAC-seq 的数据十分稀疏且充满噪音,其分析往往需要不同的方法。目前对scATAC-seq数据分析进行全面介绍的综述寥寥无几,不利于scA...
一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法(scNanoATAC-seq)——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法,可以与TGS测序平台相兼容。 研究意义 02 scNanoATAC-seq是一种基于TGS平台的长读单细胞ATAC测序方法,可应用于各种生物学领域。它可以同时检测单个细胞内的染色质可及性和遗传变异(包括SV,SNPs...
使用测序 (scATAC-seq) 技术对转座酶可及的染色质进行单细胞测定,可在单细胞分辨率下深入了解基因调控和表观遗传异质性,但由于数据的高维性和极度稀疏性,scATAC-seq 的细胞注释仍然具有挑战性。现有的细胞注释方法大多集中在细胞峰矩阵上,而没有充分利用底层的基因组序列。
ATAC-seq技术在全基因组范围内鉴定染色质开放区域，是研究表观遗传调控的重要工具。随着单细胞技术的发展，单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）能提供单细胞水平的染色质可及性信息，但数据处理和分析面临挑战。中山大学徐锦课题组的综述论文为scATAC-seq提供了全面指导，包括数据预处理、质量评估、染色质图谱分析...
传统的scATAC-seq方法在处理线粒体时效率低下，mtscATAC-seq通过优化液滴技术的工作流程，采用特定的实验条件（如Omitting洋地黄皂苷和Tween-20的Condition A）和甲醛固定，显著提高了线粒体DNA的覆盖率和获取率。研究人员还开发了一种计算方法，确保线粒体基因组的高精度映射，进而进行线粒体疾病相关克隆...
对于fragment counts建模可改善单细胞 ATAC-seq 分析(而非read counts/binary counts): https://www.nature.com/articles/s41592-023-02112-6 提出了改进scATAC-seq counts matrix的PIC方法,能够提供对scATAC-seq更准确的定量矩阵,并改进下游分析 https://www.nature.com/articles/s41592-023-02103-7 ...