scATAC-seq是一种用于测定染色质开放性的单细胞测序技术。通过该技术,可以获得细胞核内开放染色质的基因组位置和组成,从而揭示细胞内基因的表达和调控情况。 2. scATAC-seq的原理 scATAC-seq的原理基于转座酶介导的核心染色质测序。在该技术中,细胞的染色质首先被处理成单细胞核提取物。随后,通过转座酶将TC标记的修...
提供多组学实验、基于AI的生物信息挖掘分析、DNA合成等服务 产品简介 单细胞ATAC-seq(Assay for Transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing)通过将单个细胞分离并利用DNA转座酶进行转座反应,然后对其进行测序,从而获得单个细胞的染色质开放区域的信息。这种方法可以解决细胞异质性问题,揭示不同细胞之间...
其中一个数据集是通过10x Genomics的多组学技术获得的,它涵盖了每个细胞的DNA可及性和基因表达数据。另一个数据集则是通过10x Genomics的单细胞ATAC测序(scATAC-seq)技术得到的,仅包含DNA可及性信息。 将利用Seurat软件包中的工具,基于两者共有的DNA可及性检测方法,将这两个数据集合并。此外,本文[1]还将展示如何...
该研究纳入了性别决定和卵巢和子宫分化阶段(女性33个,男性22个)的人类性腺和邻近的生殖腺外组织,进行了单细胞多组学分析(scRNA-seq、scATAC-seq、10x Visium空间转录组、smFISH、单细胞多组学:scRNA-seq+scATAC-seq);同时对对应时期的小鼠组织进行了scRNA-seq分析。 研究思路 研究结果 该研究生成了妊娠早期和中期人...
如何将scATAC-seq细胞映射到由scRNA-seq实验生成的UMAP空间中 本文大量使用了Signac软件包,这是一个新近开发的用于分析单细胞分辨率下收集的染色质数据集的工具,包括scATAC-seq数据。 采用了一个公开的约12,000个人类外周血单个核细胞(PBMC)的“多组学”数据集来演示这些方法,该数据集由10x Genomics公司提供。在这个...
单细胞多组学(scATAC-seq+scRNA-seq) 产品介绍: 单细胞多组学是10xGenomics商业化的用于同时研究单细胞染色质开放性和基因表达的多组学解决⽅案。该方案利用⼀份材料,同时获得基因表达和染色质开放性图谱。该平台样本利用Tn5转座酶对细胞核悬液进行转座之后进行10xGenomics平台的捕获。单个凝胶珠(Gel Beads)与细胞...
然后作者利用scRNA-seq描绘原始内胚层(PE)、滋养外胚层(TE)、表皮细胞(EPI)系和PGCLCs的发育轨迹,结合scATAC-seq分析,揭示在着床后早期非人类灵长类胚胎发生的关键发育事件和复杂的分子机制,提示这些关键的发育事件可能与人类有关。 研究结果 1. 食蟹猴胚胎的体外培养...
single-cell ATACseq (scATAC-seq) 研究结果 1. 单细胞转录组和染色质可及性分析揭示了人类心脏中的多种细胞类型 分别保留了snRNA-seq中49359个细胞和scATAC-seq中26714个细胞。确定了八种主要细胞类型,约70%的细胞来自心肌细胞(CMs)、成纤维细胞和内皮细胞。收集了相同细胞类型的细胞,并在每种细胞类型中分别鉴...
此外,ATAC-seq的数据表明,记忆样T细胞簇中TCR效应基因的可接近性增加,说明这些细胞已启动对TCR的应答。欢迎查阅这篇《单细胞测序深化免疫肿瘤学研究》,了解scRNA-seq和scATAC-seq联合使用如何提供强大的多组学分辨率,以帮助研究免疫检查点调控。 推断发育轨迹和鉴定调控元件...