以下是Scanpy的标准流程: 1.读取数据:使用Scanpy的`read`函数读取单细胞RNA测序数据,生成AnnData对象。 2.质量控制:使用Scanpy的`qc`函数对数据进行质量控制,包括检查数据的基本统计性质、细胞的基因表达量分布、基因表达量的可重复性等。 3.数据预处理:包括批次效应校正、基因表达量归一化、去除低质量细胞的基因表达...
1.常规流程(一) ### 1.Basic workflows### 1.1 Preprocessing and clustering 确认路径和导入库 #确认工作路径importosos.getcwd()#载入核心库importanndataasadimportscanpyassc#载入加载数据的importpooch#设置全域sc的画图背景为白色,dpi=50分辨率sc.settings.set_figure_params(dpi=50,facecolor="white") 1.1.0读...
在Scanpy,可以使用sc.read_10x_mtx()逐个读取样本,并用sc.concat()进行合并。 Scanpy(推荐方式): importscanpyasscimportossample_dirs=["sample1","sample2","sample3","sample4","sample5","sample6","sample7","sample8"]adatas=[]forsdinsample_dirs:path=os.path.join("/data",sd,"filtered_featu...
代码参考自scanpy的标准流程: https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials/basics/clustering-2017.html https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials/basics/clustering.html#manual-cell-type-annotation 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 import pandas as pd import scanpy as sc ...
本文将介绍使用Scanpy进行单细胞RNA测序数据分析的标准流程。 1.数据导入与预处理 首先,我们需要将原始的单细胞RNA测序数据导入到Scanpy中。常见的数据格式包括10X Genomics的`.h5ad`文件和Seurat的`.rds`文件。可以使用Scanpy提供的`read_10x_h5ad()`函数或`read()`函数来读取数据文件。 导入数据后,进行数据的...
scanpy中scRNA-seq分析流程包括: # read in data adata = sc.read_10x_mtx('data/filtered_gene_bc_matrices/hg19/', cache=True) # normalization sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4) sc.pp.log1p(adata) # highly variable genes sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max...
Scanpy打通单细胞常规流程 有人可能会说:单细胞分析使用Seurat,monocle等R包会更加方便。但是实际分析中,测试情况是当细胞量大于5万时。一般小型服务器内存很容易不足,这时候请不要过多尝试使用Seurat来进行分析,monocle2更是。而基于python的单细胞转录分析包scanpy,能很好的解决内存不足的问题,亲测整合80万细胞量...
上一篇推文介绍了Scanpy流程中的10X数据读取/过滤/降维/聚类步骤,这次笔者将学习一下差异分析/细胞注释/数据保存。 推文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/qQ5gq_yvOzu4n1pcL6NMYw 步骤流程 接着上一篇推文内容 1、Clustering the neighborhood graph 构建邻域图 这次创建一个循环函数,可以再IDE中产生多张图片,...
高变基因、PCA、聚类、UMAP等流程在 Scanpy 中与 Seurat 非常相似,只是函数名称与参数略有不同。 差异基因分析:Seurat 中常用FindAllMarkers(),Scanpy 中则是sc.tl.rank_genes_groups(). 可视化:Seurat 提供FeaturePlot()、DotPlot()等函数;Scanpy 对应sc.pl.umap(...)和sc.pl.dotplot()。
上一篇推文介绍了Scanpy流程中的10X数据读取/过滤/降维/聚类步骤,这次笔者将学习一下差异分析/细胞注释/数据保存。 推文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/qQ5gq_yvOzu4n1pcL6NMYw 步骤流程 接着上一篇推文内容 1、Clusteringthe neighborhood graph 构建邻域图 ...