show() 仔细看看这个图有没有想起来monocle的,基因在不同命运中的变化情况: paga(https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/paga-paul15.html) 本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。 原始发表:2020-04-03,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除 生物基因...
sc.tl.leiden function, so I commented the 'flavor="igraph"' line of code and it works, however the clusterization it is slightly different and also the assignation of the genes it is not the same of the analysis reported here https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html....
1.1.0读入数据(这次用的是教程的示例数据) #1.1.0读入数据(这次用的是教程的示例数据)# EXAMPLE_DATA = pooch.create(# path=pooch.os_cache("scverse_tutorials"),# base_url="doi:10.6084/m9.figshare.22716739.v1/" ,# )# EXAMPLE_DATA.load_registry_from_doi()#这是官网的下载数据代码,但是我运行...
我们打开scanpy的教程官网:https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html ,对,就是这么直白。开始在我们的编辑器里复制粘贴教程代码,并尝试运行,并理解结果。 首先我们导入需要的库,读入10X标准的数据filtered_feature_bc_matrix,当然也可以是h5格式的文件,或者一个二维的表达谱。 读入数据 代码语言...
使用基于python的scanpy分析单细胞转录组和R包Seurat的流程非常类似。我们主要以anndata包创建的Anndata对象进行类似于Seurat的操作。大体流程包括: 数据质控 标准化 对数化 鉴定并保留高变基因 中心化 PCA降维 聚类 tsne/umap降维 可视化 具体教程可以参考scanpy的tutorials 本期分享一些使用scanpy以来的采坑点/技巧: 首先...
Seurat Scanpy Video Tutorials Convert H5AD into a Seurat object, 视频播放量 39、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 1, 视频作者 sc-RNA-seq, 作者简介 scRNA-seq data analysis,相关视频:Convert Seurat object to H5AD,英雄联盟:双城之战
By use case DevSecOps DevOps CI/CD View all use cases By industry Healthcare Financial services Manufacturing Government View all industries View all solutions Resources Topics AI DevOps Security Software Development View all Explore Learning Pathways Events & Webinars Ebooks & Whi...
https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/integrating-data-using-ingest.html 此教程描述了一种简单的基于pca的方法来整合数据,我们称之为ingest,并将其与BBKNN [Polanski19]进行了比较。BBKNN与Scanpy工作流整合得很好,可以通过BBKNN功能访问。
Scanpy 是一个基于 Python 单细胞数据分析软件包,内容包括预处理,可视化,聚类,拟时序分析和差异表达分析等。在单细胞数据过多时,使用R进行一些单细胞分析比如monocle等即使使用服务器会出现内存不足的情况,而Scanpy则能很好的解决这个问题。 官网:https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html ...
官网:https://scanpy-tutorials./en/latest/integrating-data-using-ingest.html【注意教程有两个版本,这里是latest版本的学习笔记】 此教程描述了一种简单的基于pca的方法来整合数据,我们称之为ingest,并将其与BBKNN (Polanski19[1]) 进行了比较。BBKNN与Scanpy工作流整合得很好,可以通过BBKNN功能访问。