更换镜像源:有时候使用默认的镜像源可能会导致下载失败或速度很慢,你可以尝试更换为其他镜像源,如清华大学的镜像源。 手动下载安装:如果以上方法都无法解决问题,你可以尝试从scanpy的官方网站或GitHub仓库手动下载安装包,并使用conda或pip进行本地安装。 希望这些步骤能帮助你成功安装scanpy!
我正在使用一个安装了scanpy的conda环境。但是,当我导入模块scanpy._compat时,它返回一个导入错误:ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy._compat' 我尝试升级scanpy:pip install --upgradescanpy,我还按照scanpygithub 浏览106提问于2020-03-07得票数0 ...
首先,在浏览器中搜索"scanpy package",找到官方网站或GitHub仓库。然后,下载源代码并解压缩。最后,使用以下命令进行安装: 进入解压缩后的源代码目录:cd scanpy 安装scanpy包:python setup.py install 请注意,以上方法仅供参考,具体操作可能因个人环境和系统配置而有所差异。另外,腾讯云提供了一系列与云计算相关的产品,...
code(https://github.com/BayraktarLab/cell2location) 参考资料 [1] Scanorama paper: https://www.nature.com/articles/s41587-019-0113-3 [2] Scanorama code: https://github.com/brianhie/scanorama [3] 10x genomics website: https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/datasets/ [4...
新疆网速不支持github下载(也可能是现在已经不能查看github),查找多种方法参考CSDNKanny广小隶方法选择本地安装。于是在gitee搜索公开资源下载压缩包本地安装。ps:之前在R准备loomR包也是在gitee找的资源,YYDS! devtools::install_local("./SeuratDisk.zip") ...
# https://github.com/theislab/scarches/blob/v0.3.5/scarches/models/trvae/trvae.py # and on the pyro.ai Variational Autoencoders tutorial # http://pyro.ai/examples/vae.html def __init__(self, input_dim, n_conds, n_classes, hidden_dims, latent_dim): super().__init__() self...
MuDataSeurat直接写入h5ad文件。安装方便,使用简单。 MuDataSeurat教程: https://pmbio.github.io/MuDataSeurat/index.html 安装 # in R console ## install the dev branch, which compatible with latest anndata remotes::install_github("zqfang/MuDataSeurat", ref='dev', force = T) ...
若安装过程出现问题,请参考: https://scanpy.readthedocs.io/en/latest/installation.html 骨髓单细胞转录组测序数据下载地址: https://preview.data.humancellatlas.org Step0, 读取数据 运行python importnumpyasnp importpandasaspd importscanpyassc # 可以直接读取10Xgenomics的.h5格式数据 ...
画几张marker 基因的图!这些用R都是可以实现。。我曾经无聊的时候写过一写复现的脚本。。后来发现github上也有。。。 png ax=sc.pl.stacked_violin(adata, marker_genes_dict, groupby='louvain', swap_axes=False, dendrogram=True,cmap='Paired_r') WARNING...
所做的第一步就是配置好python环境,我建议是用conda来构建,这样软件管理起来很方便。然后是安装scanpy这个库,当然可能会遇到一些问题,但是花点时间总是可以Google掉的。在Windows、mac、linux平台scanpy都是可以运行的。 在学习新的库时,文档是不可不看的。有统计表明,程序员读代码的时间一般三倍于写代码的时间。所...