这里我们使用zheng17的数据预处理方法,仅仅是因为简单,您也可以像scanpy教程:预处理与聚类一样自己一步一步地执行预处理。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 sc.pp.recipe_zheng17(adata) sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack') sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=4, n_pcs=20) sc....
大家好呀,我们又见面啦,今天和大家聊聊单细胞和空转分析中一个很基础的包——Scanpy,Scanpy 是一个Python包,用于分析与 AnnData(一种数据结构)联合构建的单细胞分析数据,当然目前随着技术的发展,它的开发者也在跟随时代热点变化不断改进它,现在除了单细胞分析,它也实现了空间转录组数据分析流程。之前小伙伴在后台问...
*批量读取下机数据*计算双细胞比例*BBKNN去除批次效应*去除细胞周期的影响*转换为seurat对象 2. 脚本 点击查看代码 importscanpyasscimportanndataasanimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlibasmplimportmatplotlib.pyplotaspltimportseabornassnsimportscrubletasscrimportscipy.ioimportnumpyasnpimportosimportpandasaspdfr...
使用基于python的scanpy分析单细胞转录组和R包Seurat的流程非常类似。我们主要以anndata包创建的Anndata对象进行类似于Seurat的操作。大体流程包括: 数据质控 标准化 对数化 鉴定并保留高变基因 中心化 PCA降维 聚类 tsne/umap降维 可视化 具体教程可以参考scanpy的tutorials 本期分享一些使用scanpy以来的采坑点/技巧: 首先...
上一篇推文介绍了Scanpy流程中的10X数据读取/过滤/降维/聚类步骤,这次笔者将学习一下差异分析/细胞注释/数据保存。 推文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/qQ5gq_yvOzu4n1pcL6NMYw 步骤流程 接着上一篇推文内容 1、Clusteringthe neighborhood graph 构建邻域图 ...
单细胞分析的 Python 包 Scanpy(图文详解) 一、安装 如果没有conda 基础,参考:Conda 安装使用图文详解(2021版) 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 pip install scanpy conda install-y-c conda-forge leidenalg 二、使用 1、准备工作
Scanpy源码浅析之pp.normalize_total 版本# 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1',如果你看到的源码和下文有差异,其可能是由于版本差异。 importscanpyasscsc.__version__#'1.9.1' 例子# 函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell, 其源代码在scanpy/preprocessing/_normalization.py...
Scanpy 英文版视频教程 8, 视频播放量 13、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 sc-RNA-seq, 作者简介 scRNA-seq data analysis,相关视频:
scanpy功能笔记：高效创建AnnData对象：读取不同格式数据：scanpy支持h5、mtx、tsv等多种数据格式的文件导入，对于特定数据集，可直接读取矩阵文件或使用pandas辅助读取。批量读取文件：在处理多个批次的数据时，可以使用列表推导式或循环结合locals方法创建多个AnnData子对象，然后使用concatenate函数进行合并。可视化...
以下是Scanpy的标准流程: 1.读取数据:使用Scanpy的`read`函数读取单细胞RNA测序数据,生成AnnData对象。 2.质量控制:使用Scanpy的`qc`函数对数据进行质量控制,包括检查数据的基本统计性质、细胞的基因表达量分布、基因表达量的可重复性等。 3.数据预处理:包括批次效应校正、基因表达量归一化、去除低质量细胞的基因表达...