如果中间有gap,但是gap的 长度我们知道,这样的序列就叫做scaffold。 将360问答测序得到的所有contig和scaffold从大吸铁革底局余飞到小进行排列,当其长度达余业到染色体长度的一半时,这一条contig和scaffold的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。这两个数值主要用来评估序列组装的质量的,值
3.什么是Scaffold?基因组de novo测序,通过reads拼接获得Contigs后,往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库,以获得一定大小片段(如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb)两端的序列。基于这些序列,可以确定一些Contig之间的顺序关系,这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。Contig N50:Reads拼接后会获得一些不同长度的...
首先要明白N50的概念，将所有scaffold逐个相加，达到总长度一半时的scaffold长度就叫N50，它相对表示了一个中段位scaffold的长度，这个长度越长自然就表示scaffold整体长度都越长，结果自然也就越好。
Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。
如果中间有gap,但是可以知道gap的 长度,这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架(非连续)的意思。然后把contig和 scaffold 从长到短进行排列,然后相加,当恰好加到1M的50%,也就是500k的时候 ,那一条contig 或者scaffold 的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明显这个数值越大说明组装的质量越好。 20分享举报...
Scaffold N50:Scaffold N50与Contig N50的定义类似.Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds.将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度.然后将所有的Scaffolds 按照从长到短进行排序,如获得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...………Scaffold 25.将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长...
Scaffold N50:Scaffold N50与Contig N50的定义类似.Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds.将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度.然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序,如获得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...Scaffold 25.将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长度的一半...
但是gap的 长度我们知道，这样的序列就叫做scaffold。将测序得到的所有contig和scaffold从大到小进行排列，当其长度达到染色体长度的一半时，这一条contig和scaffold的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。这两个数值主要用来评估序列组装的质量的，值越大，组装效果越好，测序效率也就越好了。
但是gap的 长度我们知道，这样的序列就叫做scaffold。将测序得到的所有contig和scaffold从大到小进行排列，当其长度达到染色体长度的一半时，这一条contig和scaffold的长度就叫做Contig N50和Scaffold N50。这两个数值主要用来评估序列组装的质量的，值越大，组装效果越好，测序效率也就越好了。