scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total(),它官方也是建议用后者(当然前面这个函数仍然存在,且可以正常使用)。二者目的是基本一致的,处理数据的过程也没变,但是存在细微的差别,总体而言就是新的sc.pp.normalize_total()在参数设置方面更加人性化了。如下是旧的sc.pp.normalize_...
equal to the median of total counts for observations (cells) before normalization. 如果为None,将每个cell的library size归一化到中值,此中值是指所有cells的library size的中值。 如在上例中,所有cell的library size向量为: array([21., 7., 28.], dtype=float32) 那么中值为21,归一化后,所有cell的libr...