预训练完成后，研究人员进一步将 scFoundation 模型应用于多个下游任务。scFoundation 编码器的输出被汇总为细胞级向量，用于细胞级任务，包括 (数据集内和跨数据集的) 聚类、批量和单细胞水平的药物反应预测以及细胞类型注释。scFoundation 解码器的输出是基因级上下文向量，用于基因级任务，如扰动预测和基因模块推断。研...
保留表达超过 200 个基因的细胞,用Seurat和Scanpy来操作。 2.scFoundation模型框架 xTrimoGene模型作为 scFoundation 的骨干模型。它有三个模块:embedding module将标量值转换为 transformer block 所需的嵌入;encoder将非零和非掩码表达基因作为输入,使用vanilla transformer block,参数较大;decoder将所有基因作为输入,使用 ...
在本研究中,研究人员将 scFoundation 与 CDR 预测方法DeepCDR结合,预测多个细胞系数据中药物的半数抑制浓度 IC50 值,以验证 scFoundation 能否为基于单细胞训练的整体基因表达数据提供有用的嵌入信息。 研究人员评估了基于 scFoundation 的结果与基于基因表达的结果在多个药物和癌症细胞系上的表现,结果显示大多数药物和...
sc-foundation-eval Code for evaluating single cell foundation models scBERT and scGPT. This code was used for the analysis presented in A Deep Dive into Single-Cell RNA Sequencing Foundation Models, bioRxivhttps://doi.org/10.1101/2023.10.19.563100. ...
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说回SCEX合约交易所的包装漏洞,大家看看它到底像不像一个正常的交易所,SCEX自称项目方是美国SCEX基金会,基金会名字叫SCEX Foundation Ltd,隶属于SCEX echo investment Pte Ltd。 但是,虽然SCEX Foundation基金会确实是在美国成立了(不叫SCEX Foundation Ltd,这就是个四不像的名字),成立时间2019年10月17日,注册...
赵炬明教授的《美国“以学生为中心”的本科教育改革》系列论文之一、之二在本刊发表后,引起海内外华人学者的广泛关注,受到一致的好评。系列论文之三《聚焦设计:实践与方法》将在本刊今年第二、第三期发表。赵炬明教授的这组文章,虽各自独立...
Priority Banking(852)2886-8866 Premium Banking(852)2886-8877 Other customers(852)2886-8888 How can I download SC Mobile? You can download SC Mobile via Apple App Store and Google Play. If you do not have Google Play, please go to the link for more details –http://www.sc.com/hk/apk...
👉 https://github.com/bowang-lab/scGPT. 参考文献: Cui, H., Wang, C., Maan, H. et al. scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI. Nat Methods (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02201-0...
模型架构:构建 1 亿参数的 scFoundation 模型 研究人员开发的 scFoundation 模型具有约 1 亿参数,其参数规模、基因覆盖率和数据规模在单细胞领域均「名列前茅」。 模型设计 研究人员开发了 xTrimoGene 模型作为 scFoundation 的 backbone 模型,这是一个可扩展的基于 Transformer 架构的模型,包括一个向量模块 (embeddi...