本研究聚焦于高粱SBP（SquamosaPromoter BindingProtein）基因家族的全基因组鉴定及干旱胁迫条件下的表达调控机制。通过整合生物信息学分析与分子实验验证，系统解析该基因家族成员的结构特征、进化关系及逆境响应模式，为高粱抗旱遗传改良提供理论依据。利用Phytozome数据库获取高粱全基因组数据，基于隐马尔可夫模型筛选SBP结构域...
拟南芥SBP转录因子基因家族分析
1004-3268.2019.03.006棉 花 SBP 家族基因的鉴定与分析郑 玲 ,张欢欢,张延召(洛阳师范学院生命科学学院,河南洛阳 471000 )摘要:为研究棉花 Squamosa 启动子结合蛋白( SBP )家族成员的结构和功能,利用生物信息学方法, 从棉花全基因组数据库中筛选并鉴定出8 3 个棉花 SBP 家族成员,命名为 GhSBP 1— GhSBP 83...
研究结果表 明,SBP 基因家族为绿色植物所特有,在拟南芥基因组中有 16 个基因座,其基因结构差异很 大,经可变剪接得到 27 个转录本,编码 16 个 SBP 转录因子,其蛋白质序列 DNA 结合结构域 保守序列为 79 个氨基酸残基,含两个互不重叠的锌指结构序列模体。基因结构、系统发育和 蛋白质序列保守结构域分析表明,...
SBP (squamosa promoter binding protein)家族广泛参与植物生长发育,信号转导及多种生理生化过程.从糜子 (Panicum miliaceum)全基因组中筛选并鉴定到25个SBP基因.系统发育分析表明, PmSBP家族成员分为6个亚家族.同一 亚家族成员具有相似的基因结构和保守基序.共线性分析表明, PmSBP与拟南芥(Arabidopsis thaliana) AtSBP...
摘要:SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利 用普通烟草(Nicotianatabacum)TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,鉴定了普通烟草SBP 转录因子家族成员;通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草SBP结构域的结构特征;通过邻接法、极大似然法进行...
大豆SBP基因家族的序列特征、表达及进化分析
㊀㊀摘要:在高等植物中ꎬＳＱＵＡＭＯＳＡＰｒｏｍｏｔｅｒＢｉｎｄｉｎｇＰｒｏｔｅｉｎ－Ｂｏｘ(ＳＢＰ)普遍参与植物的生长㊁开花调控及细胞程序性死亡等过程ꎮ本研究对高粱(ＳｏｒｇｈｕｍｂｉｃｏｌｏｒＬ.)ＳＢＰ转录因子家族进行鉴定并进行生物信息学分析ꎬ同时利用ｑＲＴ－ＰＣＲ对高粱ＳＢＰ基因在...
摘要SBP基因家族是植物体中特异性存在的一类重要转录因子,主要功能是调控生物生长以及细胞分化。此次研究采用生物信息学的方法,对拟南芥SBP蛋白序列进行系统进化分析,并为其构建了系统发育树。由试验结果可以得出,拟南芥SBP基因家族共包括30个成员,分布在4条染色体上,其分布比较集中,分成三大亚族。拟南芥SBP蛋白具有的生物...
SBP转录因子基因家族是一个植物的特异转录因子家族,SBP基因都含有一段保守的核苷酸序列即DNA结合结构域,又称为SBP盒(SBP-box),SBP盒编码的蛋白质序列称SBP结构域(SBP-domain),含79个氨基酸残基,并具有高度保守性。该研究通过对拟南芥、水稻等植物已知的转录因子与大豆基因组数据比对,并设置一系列严格的筛选标准,共得...