Usage: samtools mpileup [-EBug] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]]$ samtools mpileup -f genome.fasta abc.bam > abc.txt $ samtools mpileup -gSDf genome.fasta abc.bam > abc.bcf $ samtools m...
Tools (written in C using htslib) for manipulating next-generation sequencing data - samtools/samtools
All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ , are taken into account. -1 fast compression (force -b) -x output FLAG in HEX (samtools-C specific) -X output FLAG in string (samtools-C specific) -c print only the count of matching records -L FILE output alignments overl...
bgzf.c Add an hts_crc32 function to use zlib or libdeflate. (#1850) Nov 1, 2024 bgzip.1 Release 1.21 Sep 12, 2024 bgzip.c Fix more warnings and adjust Cirrus CI rules Aug 29, 2024 builddir_vars.mk.in Support building in a separate build directory May 11, 2021 config.mk.in Remov...
-c Generate CSI-format index for BAM files samtools index -c xx.bam建立索引后将产生后缀为.csi的文件 -m INT Set minimum interval size for CSI indices to 2^INT [14] samtools index -c -m 10 xx.bam建立索引后将产生后缀为.csi的文件,且m间隔值>2^INT...
这里使用了iconv命令,其中`-c`参数表示忽略无法转换的字符,`-f`表示原始文件的编码格式,`-t`表示目标文件的编码格式。 5. 校正乱行:使用文本编辑器打开文件fixed_output.sam,查看文件内容并手动删除乱行或进行修正。 6. 重新使用samtools查看修正后的文件:最后使用samtools查看修正后的文件,确保文件已经正常,命令如...
ref六：sixbox：sixoclock.net/support-c... samtools-sort.cwl：sixoclock.net/apps/caea... samtools-index.cwl：http://www.sixoclock.net/application/pipe/66d0f782-3f3e-4a9e-972d-94aebbfa3a4b/ samtools sort manual: http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html samtools ...
https://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html http://events.jianshu.io/p/794d82bccf6c http://blog.sina.com.cn/s/blog_13de3725c0102v7rd.html https://www.cnblogs.com/shuaihe/articles/6802246.html 已赞过 已踩过< 你对这个回答的评价是? 评论 收起 为...
最近在学习利用转录组数据进行变异检测的相关分析方法,找到了一篇关于samtools的教程SAMtools - Primer / Tutorial,原文提供分析过程用到的数据,非常好的学习素材,简单记录自己的重复过程。(前两天试着用conda安装了samtools-1.8-3, 但是使用的时候遇到了报错
8个 下一篇生信小工具 | 手把手教你从序列查找开始,绘制漂亮的进化树喜欢此内容的人还喜欢 Cell子刊 | 五大组学联合,首次揭示中国女性“断崖式衰老”的标志物及干预措施 迈维代谢 不喜欢 不看的原因确定 内容质量低 不看此公众号 热烈祝贺我刊编委...