情景一:SAM转BAM Sambamba 的view命令可以用来查看SAM/BAM格式文件的内容并进行格式转换。它提供了许多选项来控制输出,包括: ·-F, --filter=FILTER:设置对齐的自定义过滤器。 ·--num-filter=NUMFILTER:过滤标志位;'i1/i2’对应于samtools的-f i1 -F i2参数;两个数字都可以省略。 ·-f, --format=sam|...
使用sambamba去除多重比对/重复/未比对序列 sambamba是高效处理sam/bam文件的工具,sambamba view可以设置一系列条件对我们的比对结果进行过滤,参数如下 其中-F参数可以实现比对结果过滤,使用例子如下 sambamba view -F 'filter expression' example.bam > example.filter.bam filter expression接受and,or,not等逻辑操作符...
-F, --filter=FILTER: 设置对比对的自定义过滤条件。默认值是'mapping_quality > 0 and not duplicate and not failed_quality_control',这意味着只计算那些映射质量大于0、非重复、质量控制通过的read -o: 指定输出文件名,默认输出到标准输出 -t: 设定线程 -c, --min-coverage=MINCOVERAGE: 设置输出的最小...
通常用于需要分析或处理配对末端read的情况-l:设置排序后的BAM文件的压缩级别,从0(无压缩)到9(最大压缩)-u:将排序后的BAM不压缩输出(默认是以压缩级别1写入),在某些情况下这可能更快,但会使用更多的磁盘空间-p:在STDERR中显示进度条-t,--nthreads=NTHREADS:使用指定数量的线程-F:仅保留满足FILTER条件的read...
view: 查看 SAM/BAM 文件的内容,可以指定输出格式和过滤条件,也可以查看参考序列的信息。 merge: 合并多个 BAM 文件,可以自动处理 header 和压缩级别。 flagstat: 统计 BAM 文件中的 reads 的标志位,可以显示 QC 通过和失败的 reads 数目,以及各种配对情况和重复情况。
samtools view 04_bam/WTF4.IP.bam | less 第1列:序列名称—— E100032134L1C001R0030000131 第2列:flag数字之和——163第3列:参考序列名称/比对上的染色体——2L(若无法比对为*) 第4列:比对的第一个位置——900488(没有比对上为0) 第5列:比对质量/MAPQ/比对错误率的-10log10值——60(255代表质量不...
Sambamba 的view命令可以用来查看SAM/BAM格式文件的内容并进行格式转换。它提供了许多选项来控制输出,包括: ·-F, --filter=FILTER:设置对齐的自定义过滤器。 ·--num-filter=NUMFILTER:过滤标志位;'i1/i2’对应于samtools的-f i1 -F i2参数;两个数字都可以省略。
使用sambamba去除多重比对/重复/未比对序列 sambamba是高效处理sam/bam文件的工具,sambamba view可以设置一系列条件对我们的比对结果进行过滤,参数如下 其中-F参数可以实现比对结果过滤,使用例子如下 sambamba view -F 'filter expression' example.bam > example.filter.bam filter expression接受and,or,not等逻辑操作符...
Sambamba 的view命令可以用来查看SAM/BAM格式文件的内容并进行格式转换。它提供了许多选项来控制输出,包括: ·-F, --filter=FILTER:设置对齐的自定义过滤器。 ·--num-filter=NUMFILTER:过滤标志位;'i1/i2’对应于samtools的-f i1 -F i2参数;两个数字都可以省略。