1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序 2: 代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4: 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8: 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 16:代表这个序列比对到参考序列的负链上 32 :代表这个序列对应的另...
sam 文件第二列flag含义: 1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序 2: 代表这个序列和参考序列完全匹配,没有错配和插入缺失 4: 代表这个序列没有mapping到参考序列上 8: 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上 16:代表这个序列比对到参考序列的负...
第二列是FLAG, 事先定义了以下几种flag, 每个flag用一个数字表示,对应一种比对的情况 1代表这个序列采用的是PE双端测序 2代表这个序列和参考序列完全匹配,没有插入缺失 4代表这个序列没有mapping到参考序列上 8代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上,比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序...
另一配对read未成功比对到参考基因组,对应于二进制FLAG的第4位,该位取1,其十进制值为8; # 对于取1的位点采用提取的策略,用-f参数,值设为4+8=12 $ samtools view -u -f 12 alignments.bam >pairs_unmap.bam 看完这一部分,是不是有一个感觉:FLAG玩得溜,SAM文件可以处理得出神入化 本文作者:连明(...
利用samtools flagstat工具可以查看bam文件中比对的flag信息,并输出比对的统计结果。 samtools flagstat *.bam 1. flag一共有12个标签,使用16进制数表示,每个标签值是2^(n-1),其中n>=12(这个没看懂),每个值有其对应的唯一解释含义,具体见下图。 你会发现随机挑选几个值做加和运算,他们的结果都是唯一的,所以在...
where the second column gives the string representation of the FLAG field. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 2.理解:0x为16进制位,每一个代表一个特定的意思 3.实例: read1: @chrUn_KN707963v1_decoy_19393_19870_2:0:0_0:0:0_0/1 ...
如果FLAG不在上表第一列,可以使用如下两个网站查询: 网站1:http://https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html 例如,FLAG 88=8(0x8对应值)+16(0x10对应值)+64(0x40对应值),该FLAG值意义为三个意义的汇总。 网站2:https://www.samformat.info/sam-format-flag ...
reads比对到参考序列后,bam文件中会有2048、2064这样的flag,表示supplementary alignment 。 为了理解这个概念,可能需要以下知识。 Linear Alignment 1 2 An alignment of a read to a single reference sequence that may include insertions, deletions, skipsandclipping, but maynotinclude direction changes;(i.e....
很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事本里面,另存为一个html文件,如文件名:FlagExplain.html(拓展名一定要...
Search or jump to... Search code, repositories, users, issues, pull requests... Provide feedback We read every piece of feedback, and take your input very seriously. Include my email address so I can be contacted Cancel Submit feedback Saved searches Use saved searches to filter your...