SAM文件格式详解 The Sequence Alignment/Map (SAM) 文件是存储read与参考基因组比对信息的文件,由fastq文件经过mapping 后产生 sam文件由两部分内容组成 Header section 由若干行组成,每一行以@符号开头 头部信息并非固定的,而是可选的;常见的头部信息通常都会出现在sam文件中;详见下述示例 @HD VN:1.6 SO:coordinate...
并且如果该SAM文件中头部区域使用了@SQ(相关知识参考基因组比对专题--sam文件格式详尽解读 (1) - 简书 (jianshu.com)),那么RNAME(除非是“”)必须出现在头部区域中的SN的TAG中,以形成一一对应的关系。当然,可以赋予一个比对不成功的读段或序列一个普通的坐标,例如这可以使其参与到其后的对文件进行排序的过程中...
bam/sam 文件格式详解 sam/bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释信息(header section )和比...
read的开头或者结尾部分没有比对到参考序列"RNAME”上,但这部分未比对上的连续序列仍保留在sam文件的该read序列中,用“S”来表示;如果未保留,则用“H”表示,也即“hard cliping”(如下所示,也可同图2中r003的比对CIGAR中看出) REF:AGCTAGCATCGTGTCGCCCGTCTAGCATACGCAT READ:gggGTGTAACC-GACTAGgggg CIGAR:3...
bam/sam格式说明 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1QNAME,序列的名字(Read的名字) 2FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 4 没有找到位点...
一、UDP 报文格式 每个UDP 报文分为 UDP 报头和 UDP 数据区两部分。报头由 4 个 16 位长(2 字节)字段组成,分别说明该报文的源端口、目的端口、报文长度和校验值。 UDP 报文格式如图所示。 UDP 报文中每个字段的含义如下: 源端口:这个字段占据 UDP 报文头的前 16 位,通常包含发送数据报的应用程序所使用的 ...
【1.5.2】ARP报文格式详解 ARP 协议包(ARP 报文)主要分为 ARP 请求包和 ARP 响应包,本节将介绍 ARP 协议包的格式。 一、ARP 报文格式 ARP 协议是通过报文进行工作的,ARP 报文格式如图所示。 ARP 报文总长度为 28 字节,MAC 地址长度为 6 字节,IP 地址长度为 4 字节。