Salmon 参数详解 Salmon 是一款专为基因表达定量设计的工具,它可以高效、准确地从高通量测序数据中估计基因表达水平。为了充分发挥其性能,用户需要了解并掌握其关键参数。 1. 索引构建 (`salmon index`) 参考基因组/转录组: 这是构建索引的基础,用户需要提供cDNA序列文件(如.fasta或.fa格式)。 -t/--transcripts:...
mkdir ~/reference/index/salmon/grcm38 cd ~/reference/index/salmon/grcm38 salmon index -p 12 -t ~/reference/ensembl/grcm38.cdna.fa.gz -i ./ 2. salmon定量基因 使用salmon quant命令对clean fastq文件直接进行基因定量,主要参数如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 vim 3333_sal...
salmon quant-i~/ref/homo/homo_gencode_transcript_index-lIU-p8-1SRR8707539_1.fastq.gz-2SRR8707539_2.fastq.gz-o~/GSE128101/salmon_paired_out/-i #指定索引文件位置-l#指定库类型的格式字符串。这个参数告诉Salmon你的测序库是单端还是双端,以及测序的方向性(注意参数顺序,-l 参数要放在reads文件之前)...
具体参数的解释如下: quant表示运行 Salmon 定量程序 --libType IU指定输入样本的 RNA 库类型为 UMI 转录本测序库类型 -i ./meta_index指定索引文件位置 -1 ../SRR13188906_1.fastq和-2 ../SRR13188906_2.fastq分别指定 paired-end 原始 reads 的路径 ...
echo salmon quant -i $index -l ISF --gcBias \ -1 ${id}_1 _val_1.fq.gz -2 ${id}_2 _val_2.fq.gz -p 2 \ -o ../salmon_output/${id}_output done > paired_salmon.sh 这里的 --libType A 参数一定要搞对哦,我就遇到过使用了错误的参数而比对率超级低的情况: ...
salmon index -t transcripts.fa -i transcripts_index --typequasi -k 31#构建SMEM-based mapping index### 虽然此处未给定参数k,但是程序的默认值是19。### 同上,在构建索引阶段提供的参数k能够覆盖在估计表达量阶段的参数k的设定。salmon index -t transcripts.fa -i transcripts_index --typefmd#对双端测...
地址为： https://combine-lab.github.io/alevin-tutorial/2019/selective-alignment/ 废话不多说，salmon的建立index得命令差不太多。就是把index和输出参数换了个位置 具体命令：其中 -t 是转录组数据文件 -i 是输出地址 之后再进行定量就好 如果是双端测序数据 其中 -i 对应...
15、almon quant-i transcripts_index-l -1 reads1.fq -2 reads2.fq - o transcripts_quant Salmon的优势 m定量时考虑到不同样品中基因长度的改变(比如不同 isoform的使用) m速度快、需要的计算资源和存储资源小 m敏感性高,不会丢弃匹配到多个基因同源区域的reads m可以直接校正GC-bias 易生信,毕生缘;培训...
# salmon index 中的参数: #-l 字符串类型描述文库类型; #-i salmon index(索引); #-1 文件中包含#1匹配; #-2 文件中包含#2匹配; #--validateMappings产生不对齐比对,最佳或临近对齐; -p 线程数 默认为2 #-o 输出路径 cat >quant_salmon.sh ...