首先在https://m.ensembl.org/Bos_taurus/Info/Annotation可以查看牛的基因组的基本情况: 这样就对牛这个物种有一个大概的认知,可以看到牛的参考基因组质量还行,基因注释也是比较不错的! 然后去:http://asia.ensembl.org/Bos_taurus/Info/Index可以看到参考基因组和参考转录组的下载地址: 点击进去就可以看到最新版...
索引文件 当然,部分物种也可下载官方构建好的索引文件,见:http://refgenomes.databio.org/ 定量 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## 双端测序 ## salmon quant-i transcripts_index-l<LIBTYPE>-1reads1.fq-2reads2.fq--validateMappings-o transcripts_quant salmon quant-i~/ref/homo/...
然后去:http://asia.ensembl.org/Bos_taurus/Info/Index可以看到参考基因组和参考转录组的下载地址: 点击进去就可以看到最新版地址了,因为要演示salmon流程,仅仅是需要参考转录组序列的fasta文件即可,代码如下: wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-104/fasta/bos_taurus/cdna/Bos_taurus.ARS-UCD1.2.cdna.all...
计数首先要获取gtf注释文件,注意要和hisat2的index文件的基因组版本相对应,如本次为mm10,则gtf文件也必须为mm10或grcm38。 研究人和鼠推荐用gencode数据库的文件GENCODE ,比较常用的还有UCSC的refGene.gtf文件,下载地址在https://hgdownload.soe.ucsc.edu/ (若想下载其他gtf文件则将网址中mm10替换即可,如hg38)...
计数首先要获取gtf注释文件,注意要和hisat2的index文件的基因组版本相对应,如本次为mm10,则gtf文件也必须为mm10或grcm38。研究人和鼠推荐用gencode数据库的文件GENCODE,比较常用的还有UCSC的refGene.gtf文件,下载地址在https://hgdownload.soe.ucsc.edu/(若想下载其他gtf文件则将网址中mm10替换即可,如hg38)。
#创建分析文件夹mkdirsalmon_tutorialcdsalmon_tutorial#下载参考转录组数据curl ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-28/fasta/arabidopsis_thaliana/cdna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.28.cdna.all.fa.gz -o athal.fa.gz#创建索引salmon index -t athal.fa.gz -i athal_index#获取测序数据mkdirdata...
收藏 加入清单 下载版权Shebeko TIFF大小 60.2MB 格式JPG 以图搜图 大图:5616× 3744 像素·47.55 cm × 31.7 cm·300dpi·JPG 中图:1000× 667 像素·35.28 cm × 23.53 cm·72dpi·JPG 小图:500× 333 像素·17.64 cm × 11.75 cm·72dpi·JPG 了解更多 图片套餐 常见问题: 商业用途| 授权| 授权书...
报警机器人于8年前修改了此页面。 重定向到: 熟三文鱼 Balaclava未转变者中文Wiki 金属窗护栏未转变者中文Wiki 桦木步枪未转变者中文Wiki GPS未转变者中文Wiki Mafia Fedora未转变者中文Wiki Meat Shop未转变者中文Wiki 尼克雷夫弹盒未转变者中文Wiki 橘色格子衬衫未转变者中文Wiki ...
15、almon quant-i transcripts_index-l -1 reads1.fq -2 reads2.fq - o transcripts_quant Salmon的优势 m定量时考虑到不同样品中基因长度的改变(比如不同 isoform的使用) m速度快、需要的计算资源和存储资源小 m敏感性高,不会丢弃匹配到多个基因同源区域的reads m可以直接校正GC-bias 易生信,毕生缘;培训...
官方安装教程:https://docs.unrealengine.com/latest/CHN/GettingStarted/Installation/index.html 安装UE4引擎 在虚幻引擎官方网站创建账号,然后下载虚幻4引擎。必须要创建才能下载,所以就不要偷懒了 下载后直接运行程序登录注册的账号,登录后进入到ue4的主界面 ...