在使用R语言进行GO和KEGG富集分析时,主要有以下几步:1、准备数据,2、加载必要的R包,3、执行GO富集分析,4、执行KEGG富集分析,5、可视化结果。首先,我们需要准备基因列表,然后通过加载相应的R包如clusterProfiler,使用这些包中的函数进行富集分析,最后生成可视化图表来展示结果。下面将详细介绍每一步。 一、准备数据 在...
12、使用R语言进行GO和KEGG富集分析是富集分析的第12集视频,该合集共计13集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
Chapter 14 Biological theme comparison | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top) ### step2:富集分析 ### library(clusterProfiler) xx <- compareCluster(total, fun="enrichGO", OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff=0.99)# pvalueCutoff显著性应该为0.05 table(...
研究领域涉及机器学习,芯片数据分析,测序数据分析,miRNA靶基因预测 课程概述 评论(2) 苹果手机用户请尽量使用电脑端购买,以免增加不必要的费用。 GO和KEGG介绍,R语言进行GO和KEGG富集分析,四种不同的风格对结果进行可视化第一期:GO介绍,GO富集分析结果解读,4种风格GO富集分析图如何看第二期:R做GO富集分析第三期:R绘...
r语言 go通路富集分析 r语言中进行go和kegg分析,前面的课程中,我们学习了GO/KEGG功能富集分析的操作步骤,并给大家演示了如果使用R语言绘制高级气泡图。之后,同学们都非常积极地拿着代码在自己的电脑上进行操作,基本也能够顺利完成,但也有一些同学可能对R或者RStudio的
1.加载所需的R包 2.读入数据与处理表格 3.enrichGO函数进行GO/KEGG/自定义通路的富集 4.简单的可视化 三、结论 前言 clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、以及GSEA富集分析等,并且对富集分析结果进行可视化。
KEGG是包含生物途径信息的数据库，涵盖了基因组、代谢途径、疾病和药物等多个领域。GO则提供基因功能分类，包括分子功能、生物过程和细胞组件。在R中，可通过DESeq2进行差异分析，Profilercluster包的enrichKEGG()函数可以实现KEGG富集分析，而GO富集分析则需要调整ont参数。GSEA则更注重基因表达数据的整体模式...
多组富集分析compareCluster 可修改fun = enrichKEGG为KEGG分析 Chapter 14 Biological theme comparison | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top) 代码语言:javascript 复制 ### step2:富集分析 ###library(clusterProfiler)xx<-compareCluster(total,fun="enrichGO",OrgDb...
多组富集分析compareCluster 可修改fun = enrichKEGG为KEGG分析 Chapter 14 Biological theme comparison | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top) ### step2:富集分析 ### library(clusterProfiler) xx <- compareCluster(total, fun="enrichGO", OrgDb = ...
多组富集分析compareCluster 可修改fun = enrichKEGG为KEGG分析 Chapter 14 Biological theme comparison | Biomedical Knowledge Mining using GOSemSim and clusterProfiler (yulab-smu.top) ### step2:富集分析 ### library(clusterProfiler) xx <- compareCluster(total, fun="enrichGO", OrgDb = ...