方法:下载处理TCGA数据的R包很多,数据来源也不一样,这一部分开始对几个包分别进行使用,写出心得。 结果最终想得到的是用其中两个包 这部分,RTCGA包 参考:作者文档和这个以及生信技能树 --- 1 安装并加载包 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # Load the bioconductor installer. ## try ht...
RTCGA工具集使用了voom包和limma包的函数做这个功能分析。每个经过TCGA项目处理过的样本都有一个特定的包含组织源信息的barcode数。RTCGA工具集利用这个barcode信息将每个样本分成正常和肿瘤组以进行差异基因表达分析。因为voom需要RNASeq data的原始计数,所以标准化的数据是不能用来做这个分析。 该函数会返回一个列表,其中...
R包RTCGA的简单介绍 而RTCGA这个包是 Marcin Marcin Kosinski et al. 等人开发的,工作流程如下: img 这不是简单的一个包,而是一系列根据数据类型分离的包,相当于要先下载这些离线数据R包之后再直接从离线数据包里面获取TCGA的所有数据。 作者写了详细的文档: https://rtcga.github.io/RTCGA/index.html 最新的数...
最主要的包RTCGA有一个函数infoTCGA可以查询他们团队整理的数据集,其实就是https://gdac.broadinstitute.org/网页里面的数据集: library(RTCGA) all_TCGA_cancers=infoTCGA() DT::datatable(all_TCGA_cancers) 如下所示: 支持的数据集 既然也是https://gdac.broadinstitute.org/,其实就跟通过R包RTCGAToolbox链...
对RTCGA可下载的数据介绍 这里我给出RTCGA这个包的github.io主页链接,从这里可以了解到如何下载数据,还有如何从各种数据中提取所要的数据集。 下载数据的工作流程: 需要先下载RTCGA包,再来获取其它数据。 可以遵循上图的流程来做或查看官网的帮助文档 本期完结! 本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自作者个人站...
RTCGA工具集使用了voom包和limma包的函数做这个功能分析。每个经过TCGA项目处理过的样本都有一个特定的包含组织源信息的barcode数。RTCGA工具集利用这个barcode信息将每个样本分成正常和肿瘤组以进行差异基因表达分析。因为voom需要RNASeq data的原始计数,所以标准化的数据是不能用来做这个分析。
1.下载包及引用数据 #下载包和引用包if(!require(RTCGA))BiocManager::install("RTCGA")if(!require(RTCGA.miRNASeq))BiocManager::install("RTCGA.miRNASeq")if(!require(RTCGA.clinical))BiocManager::install("RTCGA.clinical")library(RTCGA.miRNASeq)KIRC.miRNASeq[1:10,1:4]#使用KIPC的数据集 ...
SOOGIF为您提供爱gif动态图片,路易斯汤姆林森路易斯汤姆林森胎儿女孩青少年拉里是真实的男孩拉里stylinson一个方向动图表情包下载,还有更多关于爱,路易斯汤姆林森,路易斯汤姆林森胎儿,女孩,青少年,拉里是真实的,男孩,拉里stylinson,一个方向的动图内容,尽在SOOGIF。
R包RTCGA的简单介绍 而RTCGA这个包是 Marcin Marcin Kosinski et al. 等人开发的,工作流程如下: img 这不是简单的一个包,而是一系列根据数据类型分离的包,相当于要先下载这些离线数据R包之后再直接从离线数据包里面获取TCGA的所有数据。 作者写了详细的文档: https://rtcga.github.io/RTCGA/index.html ...
RTCGA.rnaseq RTCGA.clinical RTCGA.PANCAN12 RTCGA.mRNA RTCGA.miRNASeq RTCGA.RPPA RTCGA.CNV RTCGA.methylation 这里就介绍如何使用R语言的RTCGA包来获取任意TCGA数据吧。 首先安装及加载包 这里仅仅是测序mRNA表达量数据以及临床信息,所以只需要下载及安装下面的包: ...